Vibrio Typer - программа для определение серогруппы у штаммов Vibrio cholerae на основе данных полногеномного секвенирования
- Автор: Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О.
Программа «VibrioTyper» предназначена для анализа данных полногеномного или фрагментарного секвенирования штаммов Vibrio cholerae с целью определения их серогруппы.
В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий либо набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей – результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования), либо фрагмент генома, содержищий гены, кодирующие О-кластер.
В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий либо набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей – результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования), либо фрагмент генома, содержищий гены, кодирующие О-кластер.
Возможна пакетная обработка множества fasta-файлов (каждый файл содержит геном одного штамма) с формированием сводной таблицы