SNP Genotyper - программа для определения генетических линий токсигенных и нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica на основе данных полногеномного секвенирования

Программа «SNP Genotyper» предназначена для быстрого анализа данных полногеномного секвенирования токсигенных и нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica с целью определения их генетической линии. Определение генетической линии проводится на основе заложенных в программу ранее выявленных маркерных SNP (единичных нуклеотидных замен), характерных для каждой из линий.

Свежую версию программы можно скачать здесь: https://github.com/alexeyvod/SNPGenotyper

Возможна пакетная обработка множества fasta-файлов (каждый файл содержит геном одного штамма). Результат выдается в табличной форме

Общее филогенетическое дерево