SeqAnalyzer — программа для анализа результатов полногеномного секвенирования Vibrio cholerae
- Автор: ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
SeqAnalyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования штаммов холерного вибриона. В основе метода лежит поиск заранее определенных референсных генов среди набора контигов, что позволяет определять вид, серогруппу, биовар анализируемого штамма, а также ряд мобильных генетических элементов и островков. Важной особенностью является возможность определения кратности вариабельных тандемных повторов и INDEL-маркеров, что имеет существенное значение для эпидемиологического анализа.
Отличительные особенности программы SeqAnalyzer:
- Низкие требования к оборудованию – для работы требуется обычный «офисный» компьютер или ноутбук с 1 Гб оперативной памяти
- Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома (около 10 Мб) требуется 3-4 минуты
- Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки» — никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется
- Программа рассчитана на работу с набором контигов, что не требует проведения предварительной сборки генома
- Простота оценки результатов – данные анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный текстовый файл на русском языке.
