«V. cholerae ICE Genotyper» — программа для выявления и типирования интегративно-конъюгативного элемента (ICE-элемента) у штаммов V. cholerae
- Автор: Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Писанов Р.В.
Программа «V. cholerae ICE Genotyper» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Vibrio cholerae
с целью выявления интегративно-конъюгативного элемента (ICE-элемента) и определения его типа. Возможна пакетная обработка множества fasta-файлов (каждый файл содержит геном одного штамма).
Таблица 1 – Пример отображения результата
| Геном | Наличие ICE | Тип ICE-элемента | Процент идентификации | Близкие типы |
| 00-12_S86 | 100% | ICEVchCHN956 | 85 | ICEVchCHN143 (83%), ICEVchCHN4210 (83%), ICEVchCHN956 (85%), ICEVchLaos (80%), |
| 00-14_S88 | not found | none | 0 |
|
| 00-1_S85 | 100% | SXT(MO10) | 88 | SXT(MO10) (88%), |
| 00-3_S89 | 100% | ICEVchChi2 | 97 | ICEVchChi2 (96%), |
