Author Archive

• Sunday, November 12th, 2023

Resistance Analyzer – оффлайн программа для поиска генов антибиотикорезистентности в данных полногеномного секвенирования. Программа предназначена для работы в среде Windows.

Авторы: Водопьянов А.С., Писанов Р.В.

Язык программирования: Java
Скачать

• Sunday, August 06th, 2023

В ФКУЗ Ростовском-на-Дону противочумном институте Роспотребнадзора планируется строительство клинико-диагностического центра.
https://disk.yandex.ru/i/tEkrVPSNz6Nlsg

• Monday, June 26th, 2023

Программа «MLSTtyper» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования возбудителей бактериальных инфекций с целью определения аллелей генов, используемых для типирования, и MLST-типа. Принципиальными особенностями программы являются офлайн режим работы (без доступа к сети Интернет) и возможность автоматического анализа большого числа геномов.

Скачать

Скачать MLST typer

Скачать Методические рекомендации по работе с программой


Читать полностью…

• Monday, June 26th, 2023

Программа «Pseudomonas Analyser» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Pseudomonas aeruginosa с целью определения антигенной структуры, жгутикового антигена, выявления факторов патогенности, генов определяющих мукоидный фенотип микроорганизма, определения INDEL-локусов с высокой разрешающей способностью.

Скачать Pseudomonas Analyser

  • Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл PseudomonasAnalyser.bat
  • Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является PseudomonasAnalyser.jar
  • Загрузить методические рекомендации по использованию программы Pseudomonas Analyser.
• Thursday, April 20th, 2023

Программа «V. cholerae ICE Genotyper» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Vibrio cholerae с целью выявления интегративно-конъюгативного элемента (ICE-элемента) и определения его типа. Возможна пакетная обработка множества fasta-файлов (каждый файл содержит геном одного штамма).

Авторы

Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Писанов Р.В.

Скачать программу

Скачать методические рекомендации

Читать полностью…

• Thursday, April 20th, 2023

Программа «Salmonella Analyzer» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Salmonella spp. с целью определения антигенной структуры, выявления факторов патогенности, определения INDEL-локусов с высокой разрешающей способностью.

Авторы

Горох А.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Герасименко А.А.
Читать полностью…

• Tuesday, March 21st, 2023

Программа для выявления генов, отвечающих за синтез сидерофоров, в полногеномных нуклеотидных последовательностях энтеробактерий

Разработанная программа позволяет проводить анализ данных секвенирования таких представителей энтеробактерий, как Yersinia, Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebsiella.В основе метода лежит поиск нуклеотидных последовательностей, кодирующих биосинтез и транспорт сидерофоров, в геномах различных штаммов вышеперечисленных родов бактерий.

Проведенный анализ дает возможность оценить наличие и разнообразие в геномах бактерий кластеров генов, участвующих в процессе поглощения микробами железа в организме хозяина. Обнаружение у исследуемых штаммов множественных сидерофор-зависимых систем ассимиляции железа может свидетельствовать о повышенном патогенном потенциале бактерий. Полученные данные могут быть использованы для выявления опасных для человека штаммов.
Читать полностью…

• Wednesday, July 14th, 2021

Предлагаемая программа предназначена для поиска мутаций в последовательностях штаммов SARS-CoV-2 с выравниванием на референсную последовательность и определения геновариантов вируса.

Отличительные особенности программы CovAnalyzer:

  • Высокая скорость работы – за секунду анализируется около 3 геномов (около 30 кб)
  • Простота запуска – программа запускается с помощью .sh скрипта
  • Простота оценки результатов – данные анализа представляют собой файл в табличном формате, открываемый в любом редакторе.

Скачать

• Tuesday, May 11th, 2021

SARS-CoV-2 Genome Analyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования вируса SARS-CoV-2. В основе метода лежит выравнивание анализируемой последовательности на референсную последовательность штамма Wuhan-Hu-1 с последующим выявлением нуклеотидных и аминокислотных замен.

Отличительными особенностями программы SARS-CoV-2 Genome Analyzer являются:

  1. Высокие требования к оборудованию – для работы требуется компьютер с 16 Гб оперативной памяти.
  2. Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома требуется 5-15 минут.
  3. Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки»: никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется.
  4. Простота оценки результатов – результаты анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный файл.

Скачать SARS-CoV-2 Genome Analyzer

  • Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SarsCov2Analyzer.bat
  • Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SarsCov2Analyzer.jar
  • Загрузить методические рекомендации по использованию программы SarsCov2Analyzer.
• Monday, July 27th, 2020

Компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.

Алгоритм работы программы

Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат.

Входные данные

В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей – результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования). Предпочтительное расширение файла «.fasta» или «.fa».

Скачать программу Pasteurella Analyzer

Скачать Методические рекомендации по работе с программой

• Thursday, June 04th, 2020

3.06.2020 г. конкурсной комиссией ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора проведен конкурс на замещение вакантных должностей научных работников. В работе конкурсной комиссии приняли участие 8 из 8 членов конкурсной комиссии.

Комиссия рассмотрела 6 заявок на замещение 5 вакантных должностей научных работников: 2 заявки на должность младшего научного сотрудника лаборатории эпидемиологии ООИ (2 шт. ед.); 1 заявку на должность младшего научного сотрудника лаборатории санитарной охраны территории (1 шт. ед.); 1 заявку на должность младшего научного сотрудника лаборатории диагностики ООИ (1 шт. ед.), 1 заявку на должность младшего научного сотрудника лаборатории туляремии (1 шт. ед.).
Читать полностью…

• Monday, June 01st, 2020

Информационное письмо № 1

XII ВСЕРОССИЙСКАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ
И СПЕЦИАЛИСТОВ РОСПОТРЕБНАДЗОРА

«Современные проблемы эпидемиологии, микробиологии и гигиены»

Уважаемые коллеги, в соответствии с планом основных организационных мероприятий Роспотребнадзора на 2020 г. и Приказом Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 04.08.2020 № 424 «О проведении XII Всероссийской научно-практической конференции молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора и ежегодного заседания Совета молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора» 21-22 октября 2020 г. будет проведена XII Всероссийская научно-практическая конференция молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора «Современные проблемы эпидемиологии, микробиологии и гигиены» и ежегодное заседание Совета молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора в формате видеоконференции.

Организаторы Конференции: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора. Читать полностью…

• Tuesday, April 07th, 2020

Роспотребнадзор предупреждает руководителей организаций, предприятий, общественных объединений, бизнес сообществ, индивидуальных предпринимателей, а также руководителей малого и среднего бизнеса об участившихся случаях обращений в адрес коммерческих структур и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих различные виды деятельности по оказанию услуг населению, от имени руководителя или его заместителя, а также сотрудников Роспотребнадзора с просьбой оказания благотворительной помощи и перечислении денежных средств на банковские реквизиты на проведение неких мероприятий (приобретение дорогого медицинского оборудования, методической литературы, сбор денежных средств на дом престарелых, на проведение конференций, съездов, встреч и т.д.).

Роспотребнадзор информирует, что всякие требования об оказании благотворительной помощи или благотворительного взноса на проведение каких-либо мероприятий от имени руководителя или его заместителя организаций являются «лжепросьбами».

Просим предпринимателей проявлять бдительность и при возникновении подобных ситуаций следует незамедлительно информировать правоохранительные органы.

• Wednesday, March 25th, 2020

Коронавирусная инфекция – памятка для граждан

• Friday, March 20th, 2020

Объявление о проведении конкурса на замещение вакантных должностей института

Приложение 1 _ Заявление на конкурс

Приложение 2 _ Список документов на конкурс

Приложение 3 _ Заявка на конкурс

Приложение 4 _ Сведения о научной деятельности

Положение о конкурсной комиссии

• Tuesday, March 03rd, 2020

Читать полностью…

• Tuesday, March 03rd, 2020
• Wednesday, February 12th, 2020

6 февраля 2020 г. на базе ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора состоялась Межучрежденческая научная конференция, посвященная Дню науки. В работе конференции приняли участие студенты ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет». В рамках конференции было заслушано три доклада, в которых освещались вопросы: «Изменчивости Vibrio cholerae O1 по признаку агглютинабельности», «Методов детекции холерного токсина», «Анализа устойчивости к антибактериальным препаратам холерных вибрионов, выделенных из объектов окружающей среды в России в 2019 г.».
Читать полностью…

• Thursday, January 30th, 2020

30 января 2020 г. в ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора состоялся Ученый совет, на котором был представлен доклад молодого ученого – м.н.с. лаборатории чумы Кузнецовой Д.А. из цикла «Биография и жизненный путь выдающихся ученых Ростовского-на-Дону противочумного института» на тему: «Биография и жизненный путь Виктории Ивановны Тыняновой».

• Sunday, January 19th, 2020

В июле 2019 г. президент Российской Федерации  В.В. Путин подписал Указ о проведении в 2020 г. «Года памяти и славы в ознаменование 75-летия Победы в Великой Отечественной войне». Великая Отечественная война длилась 1418 дней и ночей. Эта трагедия прошла через каждую семью и сердце каждого гражданина СССР.  Читать полностью…

• Monday, December 09th, 2019

компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных хромато-масс-спектрометрии в режиме селективного ионного мониторинга (SIM – selected ion monitoring). Поддерживается пакетный режимы работы программы, позволяющий в автоматическом режиме обрабатывать большое число данных, при этом на анализ одного масс-спектра уходит 2-3 минуты.

Для стабильной работы программы требуется компьютер или ноутбук, имеющий как минимум 1 Гб оперативной памяти.

Программа является кросс-платформенной и предназначена для работы в среде «Windows», «Mac OS» и различные варианты «Linux», включая отечественные операционные системы («Astra Linux», «Alt Linux», «ROSA» и т.п.).

Скачать ChromatoAnalyzer

Скачать Методические рекомендации по использованию программы

• Thursday, April 19th, 2018

Представлен перечень диссертационных работ, подготовленных специалистами
ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора за 2011-2022 гг.
Читать полностью…

• Saturday, December 09th, 2017

Информационный бюллетень № 46

«Об эпидемиологической ситуации по холере в мире

с 01.01.2017 по 08.12.2017 г.»

Число больных холерой – 230 637, число стран – 38

Число больных с подозрением на холеру – 1 162 579

Читать полностью…

• Friday, September 08th, 2017

СЕМИНАР
«Вопросы биологической безопасности при работе с возбудителями 1-2 групп патогенности. Клиника, эпидемиология и профилактика туляремии, сибирской язвы и другой актуальной природно-очаговой краевой патологии»

Начало работы семинара: 15 сентября 2017 года, 09.00 часов
Окончание работы семинара: 15 сентября 2017 года, 17.00 часов
Место проведения семинара: конференц-зал ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, г. Ростов-на-Дону, ул. Горького, д. 117/40
Для получения временных пропусков слушателям необходимо прибыть по указанному адресу 15 сентября 2017 года к 08.30 часов.
При себе необходимо иметь паспорт

• Tuesday, August 29th, 2017
24 августа 2017 года состоялось заседание Ученого совета Ростовского-на-Дону противочумного института.
Один из вопросов Ученого совета был посвящен открытию созданного в г. Спитаке (Армения) Комплекса благодарной памяти от армянского народа за помощь при ликвидации Спитакского землетрясения (докладчик – начальник СПЭБ Ростовского-на-Дону противочумного института Мазрухо А.Б.).
В работе Ученого совета принял участие депутат Государственной Думы, академик РАН Геннадий Григорьевич Онищенко.

Читать полностью…

• Tuesday, August 29th, 2017

1 августа 2017 г. состоялась конференция: Обсуждение диссертационной работы Евдокимовой Вероники Вячеславовны «Разработка препаратов моноклональных антител для диагностики холерных вибрионов О1, О139 серогрупп иммуноферментными методами», представленной на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальностям 03.02.03 – микробиология.

Научный руководитель: д.б.н., профессор Алексеева Людмила Павловна

Ведущий: к.б.н. Чемисова Ольга Сергеевна

Рецензенты: д.м.н. Кругликов Владимир Дмитриевич

к.б.н. Иванова Инна Александровна

Секретарь: Сизова Юлия Владимировна
Читать полностью…

• Friday, August 25th, 2017

23 АВГУСТА 2017 ГОДА СОСТОЯЛСЯ СМОТР-КОНКУРС ХУДОЖЕСТВЕННОЙ САМОДЕЯТЕЛЬНОСТИ СОТРУДНИКОВ РОСТОВСКОГО НА-ДОНУ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКОГО ПРОТИВОЧУМНОГО ИНСТИТУТА, ПОСВЯЩЁННЫЙ 95-ЛЕТИЮ СО ДНЯ ОБРАЗОВАНИЯ ГОСУДАРСТВЕННОЙ САНИТАРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОЙ СЛУЖБЫ РОССИИ

Смотр-конкурс проводился по следующим пяти номинациям (жанрам):

  • хоровые коллективы;
  • вокалисты и вокальные коллективы;
  • театры малых форм;
  •  хореографические коллективы;
  •  исполнители оригинального жанра.

Читать полностью…

• Monday, August 14th, 2017

7 декабря 1988 года в 10 часов 41 минуту по московскому времени произошло землетрясение северо-западе Армении. Мощные подземные толчки за полминуты разрушили территорию с населением около 1 млн. человек. В результате природной катастрофы до основания был разрушен город Спитак и 58 сёл в его окрестностях; частично разрушены города Ленинакан (ныне Гюмри), Степанаван, Кировакан (ныне Ванадзор) и ещё более 300 населённых пунктов. Погибло более 25 тысяч человек, 19 тысяч стали инвалидами, 514 тысяч человек остались без крова.

В первые часы после катастрофы, Министерство Здравоохранения СССР направило на помощь жителям Армении специалистов противочумной системы, назначив непосредственным руководителем и координатором оперативных групп СПЭБ от Минздрава СССР Геннадия Григорьевича Онищенко. В зоне землетрясения работали СПЭБ Саратовского, Ростовского-на-Дону, Волгоградского и Ставропольского противочумных институтов. Своим профессиональным трудом спэбовцы обеспечили санитарно-эпидемиологическое благополучие в зоне землетрясения.
Читать полностью…

• Wednesday, May 24th, 2017

Выявление на территории  Ростовской области иксодового клеща Dermacentor reticulatus – переносчика возбудителей природно-очаговых инфекций

 Род Dermacentor Koch, 1844 на юге Европейской части России представлен тремя видами: D. marginatus (Sulzer, 1776), D. reticulatus (Fabricius, 1794), D. niveus (Neumann, 1897).

Dermacentor reticulatus – клещ пастбищного типа, обитание приурочено к луговым биотопам, кустарниковым зарослям, вырубкам, припойменным лесам и редколесьям. Развитие происходит по треххозяинному типу и занимает однолетний цикл. Основными прокормителями преимагинальных стадий являются различные виды мелких и средних млекопитающих, птиц. Имаго трофически связаны со средними и крупными млекопитающими: копытными, хищниками, зайцами и ежами. D. reticulatus является резервуаром и переносчиком возбудителей многих бактериальных и вирусных инфекций (туляремия, пироплазмозы КРС, бруцеллез, лихорадка КУ, иксодовый клещевой бореллиоз, клещевой энцефалит, лихорадка Западного Нила и др.)
Читать полностью…

• Monday, March 20th, 2017

17 марта 2017г. состоялась конференция: Обсуждение диссертационной работы Титовой Светланы Викторовны, представленной на соискание ученой степени доктора медицинских наук по специальностям 03.02.03 – микробиология, 14.02.02 – эпидемиология на тему: «Эпидемический и персистентный потенциал штаммов холерных вибрионов, выделенных на территории Российской Федерации»
Ведущий: к.б.н. Чемисова Ольга Сергеевна

Научные консультанты:
д.б.н., профессор Алексеева Людмила Павловна
д.м.н., профессор Москвитина Эльза Афанасьевна

Рецензенты:
д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ  Мишанькин Борис Николаевич
д.м.н., профессор Харсеева Галина Георгиевна
д.м.н. Кругликов Владимир Дмитриевич

Секретарь: к.м.н. Марковская Елена Ивановна Читать полностью…

Холера Грипп Чума Японский энцефалит Малярия Менингококковая инфекция Лихорадка Зика ГЛПС Коронавирусная инфекция Туляремия Бешенство Бешенство человека Осторожно, клещи! Малярия