Tag-Archive for ◊ Программы ◊

• Saturday, September 25th, 2021

SARS-CoV-2 Spike Analyzer


Онлайн анализ полиморфизмов Spike-белка возбудителя новой коронавирусной инфекции


Для анализа нужен файл в формате .fasta, содержащий одну последовательность. В случае фрагментарного сиквенса, все фрагменты должны быть объединены в общую последовательность

• Wednesday, July 14th, 2021

Предлагаемая программа предназначена для поиска мутаций в последовательностях штаммов SARS-CoV-2 с выравниванием на референсную последовательность и определения геновариантов вируса.

Отличительные особенности программы CovAnalyzer:

  • Высокая скорость работы – за секунду анализируется около 3 геномов (около 30 кб)
  • Простота запуска – программа запускается с помощью .sh скрипта
  • Простота оценки результатов – данные анализа представляют собой файл в табличном формате, открываемый в любом редакторе.

Скачать

• Tuesday, May 11th, 2021

SARS-CoV-2 Genome Analyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования вируса SARS-CoV-2. В основе метода лежит выравнивание анализируемой последовательности на референсную последовательность штамма Wuhan-Hu-1 с последующим выявлением нуклеотидных и аминокислотных замен.

Отличительными особенностями программы SARS-CoV-2 Genome Analyzer являются:

  1. Высокие требования к оборудованию – для работы требуется компьютер с 16 Гб оперативной памяти.
  2. Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома требуется 5-15 минут.
  3. Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки»: никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется.
  4. Простота оценки результатов – результаты анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный файл.

Скачать SARS-CoV-2 Genome Analyzer

  • Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SarsCov2Analyzer.bat
  • Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SarsCov2Analyzer.jar
  • Загрузить методические рекомендации по использованию программы SarsCov2Analyzer.
• Monday, July 27th, 2020

Компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.

Алгоритм работы программы

Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат.

Входные данные

В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей – результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования). Предпочтительное расширение файла «.fasta» или «.fa».

Скачать программу Pasteurella Analyzer

Скачать Методические рекомендации по работе с программой

• Monday, December 09th, 2019

компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных хромато-масс-спектрометрии в режиме селективного ионного мониторинга (SIM – selected ion monitoring). Поддерживается пакетный режимы работы программы, позволяющий в автоматическом режиме обрабатывать большое число данных, при этом на анализ одного масс-спектра уходит 2-3 минуты.

Для стабильной работы программы требуется компьютер или ноутбук, имеющий как минимум 1 Гб оперативной памяти.

Программа является кросс-платформенной и предназначена для работы в среде «Windows», «Mac OS» и различные варианты «Linux», включая отечественные операционные системы («Astra Linux», «Alt Linux», «ROSA» и т.п.).

Скачать ChromatoAnalyzer

Скачать Методические рекомендации по использованию программы

• Sunday, December 21st, 2014

rezultSeqAnalyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования штаммов холерного вибриона. В основе метода лежит поиск заранее определенных референсных генов среди набора контигов, что позволяет определять вид, серогруппу, биовар анализируемого штамма, а также ряд мобильных генетических элементов и островков. Важной особенностью является возможность определения кратности вариабельных тандемных повторов и INDEL-маркеров, что имеет существенное значение для эпидемиологического анализа. Читать полностью…

Холера Грипп Чума Японский энцефалит Малярия Менингококковая инфекция Лихорадка Зика ГЛПС Коронавирусная инфекция Туляремия Бешенство Бешенство человека Осторожно, клещи! Малярия