Программа «V. cholerae ICE Genotyper» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Vibrio cholerae с целью выявления интегративно-конъюгативного элемента (ICE-элемента) и определения его типа. Возможна пакетная обработка множества fasta-файлов (каждый файл содержит геном одного штамма).

Авторы

Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Писанов Р.В.

Скачать программу

Скачать методические рекомендации

Читать полностью…

Программа «Salmonella Analyzer» предназначена для анализа данных полногеномного секвенирования штаммов Salmonella spp. с целью определения антигенной структуры, выявления факторов патогенности, определения INDEL-локусов с высокой разрешающей способностью.

Авторы

Горох А.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Герасименко А.А.
Читать полностью…

Программа для выявления генов, отвечающих за синтез сидерофоров, в полногеномных нуклеотидных последовательностях энтеробактерий

Разработанная программа позволяет проводить анализ данных секвенирования таких представителей энтеробактерий, как Yersinia, Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebsiella.В основе метода лежит поиск нуклеотидных последовательностей, кодирующих биосинтез и транспорт сидерофоров, в геномах различных штаммов вышеперечисленных родов бактерий.

Проведенный анализ дает возможность оценить наличие и разнообразие в геномах бактерий кластеров генов, участвующих в процессе поглощения микробами железа в организме хозяина. Обнаружение у исследуемых штаммов множественных сидерофор-зависимых систем ассимиляции железа может свидетельствовать о повышенном патогенном потенциале бактерий. Полученные данные могут быть использованы для выявления опасных для человека штаммов.
Читать полностью…

Компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.

Алгоритм работы программы

Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат.

Входные данные

В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей – результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования). Предпочтительное расширение файла «.fasta» или «.fa».

Скачать программу Pasteurella Analyzer

Скачать Методические рекомендации по работе с программой

компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных хромато-масс-спектрометрии в режиме селективного ионного мониторинга (SIM – selected ion monitoring). Поддерживается пакетный режимы работы программы, позволяющий в автоматическом режиме обрабатывать большое число данных, при этом на анализ одного масс-спектра уходит 2-3 минуты.

Для стабильной работы программы требуется компьютер или ноутбук, имеющий как минимум 1 Гб оперативной памяти.

Программа является кросс-платформенной и предназначена для работы в среде «Windows», «Mac OS» и различные варианты «Linux», включая отечественные операционные системы («Astra Linux», «Alt Linux», «ROSA» и т.п.).

Скачать ChromatoAnalyzer

Скачать Методические рекомендации по использованию программы