SeqAnalyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования штаммов холерного вибриона. В основе метода лежит поиск заранее определенных референсных генов среди набора контигов, что позволяет определять вид, серогруппу, биовар анализируемого штамма, а также ряд мобильных генетических элементов и островков. Важной особенностью является возможность определения кратности вариабельных тандемных повторов и INDEL-маркеров, что имеет существенное значение для эпидемиологического анализа.
Отличительные особенности программы SeqAnalyzer:
- Низкие требования к оборудованию – для работы требуется обычный «офисный» компьютер или ноутбук с 1 Гб оперативной памяти
- Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома (около 10 Мб) требуется 3-4 минуты
- Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки» – никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется
- Программа рассчитана на работу с набором контигов, что не требует проведения предварительной сборки генома
- Простота оценки результатов – данные анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный текстовый файл на русском языке.
Скачать SeqAnalyzer
- Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SeqAnalyzer.bat
- Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SeqAnalyzer.jar
- Загрузить методические рекомендации по использованию программы SeqAnalyzer.
Скачать тестовые данные
- 2011EL-301.fasta – данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 301, выделенного в акватории Таганрогского залива в 2011 году
- 18826.fasta – данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 18826, выделенного в г. Тверь в 2005 году
- 19187.fasta – данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 19187, выделенного в г. Москва в 2010 году
