Программа для выявления генов, отвечающих за синтез сидерофоров, в полногеномных нуклеотидных последовательностях энтеробактерий
Разработанная программа позволяет проводить анализ данных секвенирования таких представителей энтеробактерий, как Yersinia, Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebsiella.В основе метода лежит поиск нуклеотидных последовательностей, кодирующих биосинтез и транспорт сидерофоров, в геномах различных штаммов вышеперечисленных родов бактерий.
Проведенный анализ дает возможность оценить наличие и разнообразие в геномах бактерий кластеров генов, участвующих в процессе поглощения микробами железа в организме хозяина. Обнаружение у исследуемых штаммов множественных сидерофор-зависимых систем ассимиляции железа может свидетельствовать о повышенном патогенном потенциале бактерий. Полученные данные могут быть использованы для выявления опасных для человека штаммов.
Скачать
- Полная версия (26 Мб) – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SiderophoreAnalyzer.bat
- Исполняемый jar-файл – для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linux, Mac OS X используется исполняемый файл (около 1 Мб). При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SiderophoreAnalyzer.jar.
