Предлагаемая программа предназначена для поиска мутаций в последовательностях штаммов SARS-CoV-2 с выравниванием на референсную последовательность и определения геновариантов вируса.

Отличительные особенности программы CovAnalyzer:

• Высокая скорость работы – за секунду анализируется около 3 геномов (около 30 кб)
• Простота запуска – программа запускается с помощью .sh скрипта
• Простота оценки результатов – данные анализа представляют собой файл в табличном формате, открываемый в любом редакторе.

Скачать

SARS-CoV-2 Genome Analyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования вируса SARS-CoV-2. В основе метода лежит выравнивание анализируемой последовательности на референсную последовательность штамма Wuhan-Hu-1 с последующим выявлением нуклеотидных и аминокислотных замен.

Отличительными особенностями программы SARS-CoV-2 Genome Analyzer являются:

1. Высокие требования к оборудованию – для работы требуется компьютер с 16 Гб оперативной памяти.
2. Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома требуется 5-15 минут.
3. Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки»: никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется.
4. Простота оценки результатов – результаты анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный файл.

Скачать SARS-CoV-2 Genome Analyzer

• Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SarsCov2Analyzer.bat
• Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SarsCov2Analyzer.jar
• Загрузить методические рекомендации по использованию программы SarsCov2Analyzer.