• Воскресенье, Декабрь 21st, 2014

rezultSeqAnalyzer позволяет проводить анализ данных полногеномного секвенирования штаммов холерного вибриона. В основе метода лежит поиск заранее определенных референсных генов среди набора контигов, что позволяет определять вид, серогруппу, биовар анализируемого штамма, а также ряд мобильных генетических элементов и островков. Важной особенностью является возможность определения кратности вариабельных тандемных повторов и INDEL-маркеров, что имеет существенное значение для эпидемиологического анализа.

Отличительные особенности программы SeqAnalyzer:

  • Низкие требования к оборудованию – для работы требуется обычный «офисный» компьютер или ноутбук с 1 Гб оперативной памяти
  • Высокая скорость работы – на анализ данных одного генома (около 10 Мб) требуется 3-4 минуты
  • Простота управления – программа разработана по принципу «одной кнопки» — никаких дополнительных настроек или специальных знаний не требуется
  • Программа рассчитана на работу с набором контигов, что не требует проведения предварительной сборки генома
  • Простота оценки результатов – данные анализа данных полногеномного секвенирования представляют собой интуитивно понятный текстовый файл на русском языке.

Скачать SeqAnalyzer

  • Загрузить полную версию – предназначена для компьютеров с операционной системой Windows XP, 7, 8 без установленной виртуальной машины JAVA (JRE). В этом случае для запуска программы достаточно распаковать скачанный архив с программой и запустить файл SeqAnalyzer.bat
  • Загрузить исполняемый файл – предназначен для компьютеров с установленной виртуальной машиной JAVA (JRE) на базе Windows, Linus, Mac OS X. При необходимости свежую версию JRE можно бесплатно скачать с официального сайта компании Oracle (www.oracle.com). При этом запускаемым файлом является SeqAnalyzer.zip
  • Загрузить методические рекомендации по использованию программы SeqAnalyzer.

Скачать тестовые данные

  • 2011EL-301.fasta — данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 301, выделенного в акватории Таганрогского залива в 2011 году
  • 18826.fasta — данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 18826, выделенного в г. Тверь в 2005 году
  • 19187.fasta — данные полногеномного секвенирования штамма Vibrio cholerae Eltor 19187, выделенного в г. Москва в 2010 году