• Суббота, Февраль 20th, 2016

Результаты научной деятельности ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора в 2017 г. отражены в следующих документах федерального уровня внедрения: в качестве соисполнителя – проект 1 МУ; в качестве основного исполнителя – 2 проекта МР; 2 информационных письма; еженедельные информационные бюллетени (40 единиц); 7 патентов и 8 заявок на получение патентов; 3 свидетельства и 1 заявка на регистрацию баз данных; 3 свидетельства и 1 заявка на регистрацию ГИС; 1 свидетельство и 1 заявка на регистрацию компьютерной программы; 1 свидетельство о государственной регистрации питательной среды (завершается процесс государственной регистрации еще 2 питательных сред); 8 справок о депонировании штаммов в государственных коллекциях; 313 нуклеотидных последовательностей депонированных в NCBI GenBank; 248 опубликованных научных работ (из них: публикаций, индексируемых в РИНЦ – 176, в том числе в журналах из перечня ВАК – 97; 67 работ в других отечественных изданиях; 4 работы в зарубежной печати; сотрудники института являются соавторами 1 монографии); кроме того, еще 34 работы направлено в печать в издания ВАК; на сайте ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора создан и работает ГИС-портал, доступный для сотрудников учреждений Роспотребнадзора. Еще 33 разработанных документа внедрены на региональном уровне и 7 – на учрежденческом. Сотрудниками института защищена 1 диссертация на соискание ученой степени кандидата наук; 1 докторская диссертация после апробации в институте представлена к защите в специализированном диссертационном совете; состоялась апробация 4 кандидатских диссертаций, из них 3 диссертации приняты к защите в специализированном диссертационном совете и 1 принята к предварительному рассмотрению; еще над 3 докторскими и 3 кандидатскими диссертациями работа продолжается.

 

В 2017 г. в ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора подготовлено 11 заключительных отчетов по завершенным НИР (в качестве основного исполнителя):

  • Заключительный отчет по НИР 165-4-14 «Совершенствование системы эпидемиологического надзора за холерой в Российской Федерации». Цель исследования: Научное обоснование районирования Российской Федерации по холере с учетом определения эпидемического потенциала субъектов (область, край, республика) по комплексу показателей; оптимизация эпидемиологического надзора за холерой. В ходе исследования впервые предусмотрена оценка и получены результаты СПЭО интенсивности эпидемического процесса с учетом выделения от больных штаммов cholerae О1 ctxA+tcpA+, V. cholerae О1 ctxA-tcpA+ и V. choleraе О1/О139 ctxA-/tcpA-. Впервые при определении СПЭО контаминации холерными вибрионами поверхностных водоемов, используемых в качестве источников хозяйственно-бытового и рекреационного водопользования, оценку значений показателей «Частота выделения холерных вибрионов О1 и О139 серогрупп из воды поверхностных водоемов в зонах санитарной охраны поверхностных водоемов, используемых для  хозяйственно-питьевого водоснабжения, организованного и неорганизованного рекреационного водопользования, в местах сброса хозяйственно-бытовых сточных вод и в других точках отбора проб» проводили раздельно для штаммов V. cholerae О1  ctxA+tcpA+, V. cholerae О1 ctxA- tcpA+ и V. choleraе О1/О139 ctxA-/tcpA-. Впервые при эпидемиологической оценке миграции населения в возможности заноса холеры через международные пункты пропуска на Государственной границе Российской Федерации использованы коэффициенты интенсивности миграционного оборота и чистой миграции населения для воздушного, автомобильного, водного и железнодорожного транспорта. Подготовлены предложения к СП 3.1.2521-09 по районированию субъектов РФ с учетом их эпидемического потенциала. Впервые проведено определение эпидемического потенциала 85 субъектов Российской Федерации для районирования страны по типам территорий с учетом их эпидемического потенциала для отнесения административной территории к определенному типу территории по ее эпидемическому потенциалу использована комплексная оценка степени потенциальной эпидемической опасности субъекта при холере с учетом количественных и качественных показателей, характеризующих: эпидемические проявления холеры с учетом выделения от больных штаммов V. cholerae О1 ctxA+tcpA+, V. cholerae О1 ctxA- tcpA+ (2007-2016 гг.); контаминацию V. cholerae О1ctxA+tcpA+, V. cholerae О1 ctxAtcpA+ и V. choleraе О1/О139 ctxAtcpAповерхностных водоемов, используемых в качестве источников хозяйственно-питьевого и рекреационного водопользования (2007-2016 гг.); миграцию населения в возможности заноса холеры через все виды международных пунктов пропуска на Государственной границе Российской Федерации; условия водоснабжения и рекреационного водопользования (2011-2015 гг.). Предложена формула для определение эпидемического потенциала административных территорий по холере по результирующей сумме оценочных баллов степеней потенциальной эпидемической опасности совокупности показателей. Для районирования страны с учетом значений эпидпотенциала субъектов сформированы следующие группы по типам территорий: территории I типа — эпидпотенциал повышенный — субъекты с высокой СПЭО по контаминации поверхностных водоемов холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп; территории II типа — эпидпотенциал повышенный – субъекты с повышенной СПЭО по контаминации поверхностных водоемов холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп; территории III типа,  подтип А — эпидпотенциал повышенный – субъекты с повышенной СПЭО с учетом сбросов недостаточно очищенных и без очистки сточных вод в поверхностных водоемы, используемые для водоснабжения и водопользования и регистрации вспышек ОКИ установленной бактериальной и вирусной этиологии с реализацией водного пути передачи возбудителей (отсутствовала контаминация поверхностных водоемов холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп); территории III типа,  подтип Б — эпидпотенциал  повышенный  – субъекты с повышенной СПЭО с учетом сбросов недостаточно очищенных и без очистки сточных вод в поверхностные водоемы, используемые для водоснабжения и водопользования, отсутствовали контаминация поверхностных водоемов холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп и регистрация вспышек ОКИ установленной бактериальной и вирусной этиологии с реализацией водного пути передачи возбудителей; территории III типа, подтип В — эпидпотенциал низкий — отсутствовали сбросы недостаточно очищенных и без очистки сточных вод в поверхностных водоемы, используемые для водоснабжения и водопользования, и контаминация поверхностных водоемов холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп). Усовершенствована тактика эпидемиологического надзора в части, касающейся пересмотра точек отбора проб на холеру в субъектах Российской Федерации. Разработаны методические рекомендации «Порядок определения эпидемического потенциала административной территории для районирования Российской Федерации по типам эпидемических проявлений холеры». Постановлением Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 09.06.2009 N 43 утверждены изменения № 1 в санитарно-эпидемиологические правила СП 3.1.1.2521-09 «Профилактика холеры. Общие требования к эпидемиологическому надзору за холерой на территории Российской Федерации» приложение к СП 3.1.1.2521-09 «Районирование административных территорий Российской Федерации по типам эпидемических проявлений холеры». Разработана геоинформационная система «Эпидемиологический надзор за холерой» в онлайн формате с указанием точек отбора проб воды, мест выделения штаммов Vibrio cholerae (номера штамма и даты выделения). В состав ГИС  входят данные о  VNTR- и INDEL-генотипах штаммов холерного вибриона, что позволяет в режиме реального времени проводить анализ распределения генотипов выделяемых штаммов холерного вибриона во времени и по территориям, а также с учетом ретроспективы – их идентичность, возможное происхождение.
  • Заключительный отчет по НИР 158-4-13 «Конструктивный эпидемиологический анализ при холере в мире, странах СНГ и России с использованием информационных технологий». Впервые определен эпидемиологический год при холере в мире, показавший круглогодичную регистрацию заболеваемости в ряде стран Африки и Карибского бассейна. Это свидетельствует об обоснованности обследования на холеру иностранных и российских граждан, заболевших острыми кишечными инфекциями в течение пяти дней  после прибытия из неблагополучных по холере стран – в течение года (СП 3.1.1.2521-09). Впервые разработана оценка риска активизации эпидемического процесса при холере в мире с учетом систематизации ЧС различного происхождения, градации их и экспертной оценки в баллах для прогнозирования эпидемиологической обстановки по холере в мире. Практическая значимость исследования: еженедельные «Информационные бюллетени о распространении холеры по континентам и странам мира» (с января по декабрь, с 2014 г.) и «Информация о выделении культур холерных вибрионов О1 и О139 серогрупп из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации» (с мая по октябрь с 2014 г.) в Роспотребнадзор; еженедельная информация «О распространении холеры по континентам и странам мира» на сайте ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора. По результатам исследования в Роспотребнадзор представлены: Аналитическая справка «О работе ФКУЗ Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора,  референс-центра по мониторингу за холерой по оценке эпидемиологической обстановки в мире, странах СНГ и России, мониторинге контаминации холерными вибрионами объектов окружающей среды и изучении свойств холерных вибрионов, выделенных на территории России (2006-2015 гг.)»; 3 информационных письма: «Анализ эпидемиологической обстановки по холере в мире и России в 2014, 2015 и 2016 гг. Прогноз на 2015, 2016 и 2017 гг.»; долгосрочный прогноз до 2040 года по холере в рамках деятельности референс-центра по мониторингу холеры в Российской Федерации.
  • Заключительный отчет по НИР 157-4-13 «Характеристика биологических свойств и генетической организации холерных вибрионов, выделяемых из объектов окружающей среды на территории РФ». Полученные данные будут использованы для совершенствования эпидемиологического надзора за холерой в части оптимизации методической составляющей мониторинга, этапности лабораторной диагностики, осуществляемой в лабораториях различного уровня (территориального, регионального и федерального), а также комплекса мероприятий в соответствии с многофакторной характеристикой фенотипических и молекулярно-генетических свойств выделяемых культур холерных вибрионов. Внедрен авторский метод отбора проб с использованием «ловушек»; на этапе идентификации был внедрен: метод определения родовой и видовой принадлежности холерных вибрионов с помощью – MALDI-ToF масс-спектрометрического анализа. Разработаны подходы к типированию нетоксигенных штаммов  cholerae О1, связанные с установлением их генотипов, то есть, выявления сходств / различий со штаммами, как вновь выделенными, так и обнаруженными ранее, а также выявлением их происхождения (занос/переживание) и предположительное определение возможной степени вероятности этиологической роли в возникновении ОКИ, что имеет прикладной характер в плане эпидрасследований по фактам обнаружения данных штаммов в соответствии с п. 5.2 СП 3.1.1.2521–09 «Профилактика холеры. Общие требования к эпидемиологическому надзору на территории Российской Федерации». Осуществлена государственная регистрация 2-х баз данных:  ГИС «Холера 1989-…», пополненная информацией за 2015-2016 гг.; «Холерные вибрионы не О1/не О139 серогрупп, циркулирующие в Ростовской области»,  пополненная информацией за 2016 г. Пополнены база данных: «Штаммы Vibrio cholerae» и ГИС «Холера-штаммы — VNTR». ГИС «Холера 1989-…» в 2015 г. интегрирована в Геоинформационный портал ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора (http://gis.antiplague.ru/s_cholera-genes/php). Портал доступен всем сотрудникам Роспотребнадзора. Результаты полногеномного секвенирования ДНК штамма V. cholerae 81 выложены в GenBank: JPOP00000000/SAMN02911891, JRQM00000000 (полногеномные сиквенсы), KM352500 (CTX), KM401563 (CTX+RTX), KM816583 (RS1), KM660639 (VSP-II) и в Интернет — базу данных NCBI (№ регистрации: Vibrio choleraе O1 str. RND81; Bioproject  PRNJA255199). Подготовлен проект МУК 4.2…. «Лабораторная диагностика холеры». Составлено 67 аналитических справок по результатам идентификации, в том числе генотипирования (VNTR, INDEL– типирование и др.) штаммов, выделенных из ООС на территории России.
  • Заключительный отчет по НИР 177-4-15 «Особенности формирования биопленки холерными вибрионами и ее роль, как патогенного биологического агента (ПБА)». Впервые установлена способность холерных вибрионов О1 и О139 серогрупп, выделенных на различных территориях России, к образованию биопленок, как стратегия для их сохранения в объектах окружающей среды и реализации возбудителями патогенетического и эпидемического потенциала. Впервые разработаны модельные системы биопленкообразования для исследования их свойств в динамике, которые отвечают требованиям биологической безопасности при работе с возбудителями II группы патогенности. Охарактеризованы структурно-функциональные признаки биопленки холерных вибрионов разных серогрупп и токсигенности, которые могут быть использованы для подтверждения ее наличия. Впервые разработаны способы качественной и количественной оценки холерных вибрионов в составе сложных биопленок по числу КОЕ их отпечатков на пластинах агара и с помощью ПЦР. Впервые с помощью световой и люминесцентной микроскопии установлены стадии формирования биопленки токсигенными и нетоксигенными холерными вибрионами О1 и О139 серогрупп на различных твердых поверхностях. На основе трансмиссионной электронной микроскопии показана структурная организация биопленки холерных вибрионов, включающая межклеточный матрикс, и ее изменения при воздействии антибактериальных препаратов и дезинфицирующих средств. Впервые создана нативная экспериментальная модель мультивидовой биопленки, включающая холерные вибрионы, энтеробактерии, и продемонстрирована способность токсигенных штаммов cholerae O1, О139 к выживанию в подобных условиях  за счет их конкурентных возможностей. Установлено, что биопленочные формы холерных вибрионов более устойчивы к действию антибактериальных препаратов и ДС (Хлорамин-Б, Велтолен, перекись водорода, этиловый спирт) предусмотренных в СП 13.3118-13, чем их планктонные культуры. Разработан  и апробирован новый способ отбора воды из поверхностных водоемов для определения присутствия холерных вибрионов и переносное устройство для его осуществления. В отличие от рутинного метода забора больших объемов воды, рекомендованного МУК 4.2.2870-11, лабораторному анализу подвергаются мультивидовые пленки, образованные на поверхности пробоотборника, в состав которых могут входить и холерные вибрионы. Практическое использование устройства повышает эффективность мониторинга холеры, о чем свидетельствует выделение большего числа культур новым способом в сравнении с традиционным. Сформирована коллекция генетически охарактеризованных штаммов холерных вибрионов, стабильно образующих биопленку в условиях эксперимента. Получено 3 патента на изобретения: «Способ моделирования образования биопленок холерных вибрионов в условиях эксперимента и устройство для его осуществления»; «Способ оценки чувствительности биопленок холерных вибрионов к антибактериальным препаратам»; «Способ отбора воды из поверхностных водоемов для определения присутствия холерных вибрионов и переносное устройство для его осуществления».
  • Заключительный отчет по НИР 159-4-13 «Изучение способов обработки судового балласта, контаминированного Vibrio cholerae». Новые сведения по управлению балластными водами позволят иметь научно обоснованную информацию по присоединению Российской Федерации к Международной конвенции по контролю и управлению судовыми балластными водами и осадками (2004). Установлено, что преимущественным способом управления балластными водами является химическая деконтаминация с применением веществ, не вызывающих коррозию металлов, имеющих высокие бактерицидные свойства при сверхбольших разведениях (что экономически выгодно). Полученные данные подтверждают, что перспективным препаратом является полигексаметиленгуанидина гидрохлорид (ПГМГ). Установленные в эксперименте минимальные бактерицидные концентрации позволили предложить способы деконтаминации балластных вод и рассчитать затраты на их проведение. Полученные результаты по бактерицидной эффективности ПГМГ в отношении возбудителя холеры позволили расширить область применения ПГМГ и перечень ДС наиболее перспективных по бактерицидной активности, безопасности, токсичности и экономичности в отношении cholerae. Изучение бактерицидной активности ПГМГ позволило разработать режимы обеззараживания балластных вод, контаминированных возбудителем холеры. Определен тест-штамм V. cholerae, который может быть рекомендован для использования в лабораторных условиях при оценке бактерицидной активности ДС. Дана эпидемиологическая оценка возможности использования химических веществ различных классов в деконтаминации водяного балласта при риске заноса патогенных холерных вибрионов в акваторию международных морских портов Ростовской области. Разработаны МР по оценке эффективности дезинфекционного средства на основе полигуанидинов в отношении индикаторных микроорганизмов, рекомендованных международным стандартом качества судовых балластных вод. Депонирован тест-штамм V. cholerae 17551 для оценки бактерицидной активности.
  • Заключительный отчет по НИР 178-4-15 «Формирование коллекции рекомбинантных плазмид, экспрессирующих гены патогенных для человека вибрионов». Впервые сформирована рабочая коллекция детально охарактеризованных рекомбинантных плазмид, холерных и других патогенных вибрионов. Рекомбинантные плазмиды и содержащие их штаммы E.coli – продуценты искомых белков предназначены для получения очищенных целевых продуктов как основы диагностических препаратов и компонентов химических холерных вакцин. В ГКПБ «Микроб» депонированы штаммы E. coli: M15[pREP4]pHlyA – суперпродуцент гемолизина V. cholerae и Jm103pCefVp – продуцент предполагаемой липазы (CefVp) V. parahaemolyticus, подготовлен к депонированию штамм Jm103pCtxAB7 – продуцент холерного токсина, направлен на депонирование штамм Jm103pNanH – суперпродуцент нейраминидазы V. cholerae. Нуклеотидные последовательности клонированных генов депонированы в NCBI GenBank под номерами KR063267 (ace), KT188942, KT728924, КМ588825 (cef V.cholerae классического биовара, Эль Тор и nonO1/nonO139), KM522860 (cefE2), KT728927 (hapA), KU215666 (ctxAB), KU215667 (nanH). Создана и подготовлена к государственной регистрации база данных «Рекомбинантные плазмиды, экспрессирующие клонированные гены патогенных вибрионов». Подана заявка на патент «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая ген гемолизина V.cholerae и штамм E.coli – суперпродуцент гемолизина V. cholerae», получена справка о приоритете.
  • Заключительный отчет по НИР 179-4-15 «Совершенствование фаговой диагностики холерных вибрионов Эль Тор». Получены экспериментальные бактериофаги активные в отношении фагорезистентных штаммов холерных вибрионов Эль Тор для идентификации возбудителя холеры. Разработан экспериментальный диагностический набор фагов для идентификации холерных вибрионов. Изготовлено 3 экспериментальные серии новых холерных бактериофагов (O1, Cl, El 1, El 2). Для размножения и контроля новых рас диагностических бактериофагов найдены новые авирулентные тест-штаммы: V. cholerae El Tor 19546, 19706, 18546, которые были депонированы в ГКПБ «Микроб» под №№ КМ-276; КМ-2044; КМ-2045, соответственно. Составлены и направлены для утверждения на федеральном уровне в Роспотребнадзор методические рекомендации «Методы работы с бактериофагами микроорганизмов I-IV групп патогенности». Нуклеотидные последовательности после расшифровки полногеномного секвенирования последовательностей геномов экспериментальных диагностических холерных бактериофагов жидких (O1, Cl, El1, El2) будут выложены на сайте института и в NCBI Genbank.
  • Заключительный отчет по НИР 160-4-13 «Получение и характеристика термостабильного прямого гемолизина Vibrio parahaemolyticus». Штаммы парагемолитических вибрионов, выделенные из объектов окружающей среды и клинических проб могут быть типированы с помощью метода INDEL в зависимости от наличия генов основных факторов патогенности и принадлежности к «пандемичному» клону. Зарегистрирована база данных «Гены parahaemolyticus, содержащие INDEL-маркеры». Определены молекулярные маркеры (масс-пики) для внутривидового типирования V. parahaemolyticus. Показана эффективность использования метода MALDI-ToF масс-спектрометрии при определении стабильности полученной фракции белков в процессе хранения. Сконструированы праймеры и зонды для определения видовой принадлежности и генов термостабильного прямого гемолизина (TDH) и TDH-родственного гемолизина (TRH) V. parahaemolyticus методом ПЦР в режиме «реального времени». Оптимизированы условия амплификации. Разработан способ идентификации штаммов вида V. parahaemolyticus  методом ПЦР в режиме «реального времени» (Real-Time PCR) (получено положительное решение о выдаче патента). Разработаны ТУ на набор «Тест-система для идентификации штаммов вида V. parahaemolyticus методом  полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Real-Time PCR)». Подобран и депонирован штамм-продуцент TDH V. parahaemolyticus. Подана заявка на патент на штамм Vparahaemolyticus, используемый в качестве продуцента прямого термостабильного гемолизина (TDH). Разработаны методические рекомендации «Получение, очистка препарата прямого термостабильного гемолизина (TDH) V. parahaemolyticus».
  • Заключительный отчет по НИР 166-1-14 «Эпидемиологическая оценка состояния и экологических аспектов сочетанности природных очагов клещевых инфекций в Ростовской области (Крымская геморрагическая лихорадка, иксодовые клещевые боррелиозы, лихорадка Ку, клещевой вирусный энцефалит, моноцитарный эрлихиоз человека, гранулоцитарный анаплазмоз человека)». Разработан алгоритм определения эпизоотического состояния природного очага Крымской геморрагической лихорадки с использованием проблемно-ориентированной базы данных «Крымская геморрагическая лихорадка. Эпизоотическое состояние природного очага. Ростовская область». Впервые изучена циркуляция Ehrlichia spp.и Anaplasma phagocytophilum в сочленах паразитарных систем природных очагов на территории области, определен ареал моноцитарного эрлихиоза человека и гранулоцитарного анаплазмоза человека.  Впервые определены системно-сочетанный характер очага, тип и степень сочетанности паразитарных систем природных очагов клещевых инфекций. Практические результаты представлены следующими документами: аналитический обзор «Оценка эпидемиологической обстановки по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном, Северо-Кавказском и Крымском федеральных округах в 2014-2016 гг.»; методические рекомендации «Тактика проведения эпизоотологических обследований и профилактических мероприятий в сочетанных очагах клещевых инфекций» (уровень внедрения – региональный); информационные письма регионального уровня внедрения: 1) «Об эпизоотологической ситуации по природно-очаговым инфекциям на контролируемой территории Ростовской области», 2) «О проведении эпизоотологического обследования территории Ростовской области и результатах лабораторных исследований полевого материала на наличие возбудителя КГЛ», 3) «Об анализе состояния биоценотической структуры природных очагов моноцитарного эрлихиоза человека и гранулоцитарного анаплазмоза человека в Ростовской области с прогнозом развития эпизоотологической и эпидемиологической ситуации»; направлены документы для государственной регистрации программы ГИС «КГЛ. Эпидемические и эпизоотические проявления. Ростовская область» на основе проблемно-ориентированных баз данных «КГЛ. Эпидемиологические типы заболеваемости. Ростовская область», «КГЛ. Эпизоотия. Ростовская область» с визуализацией интенсивности эпидемических и эпизоотических проявлений Крымской геморрагической лихорадки. Полученные результаты исследований использованы Управлением Роспотребнадзора по Ростовской области для принятия управленческих решений при планировании и проведении комплекса профилактических мероприятий также прогнозирования эпизоотической и эпидемической обстановки по клещевым инфекциям.
  • Заключительный отчет по НИР 181-2-15 «Конструирование набора питательных сред для выделения Legionella  pneumophila из объектов окружающей среды и материала от людей». Получено свидетельство о Государственной регистрации усовершенствованной на основе автолизата селезенки очищенного питательной среды для выделения и культивирования возбудителя легионеллёза селективной, готовой к применению (СЭЛ).  По материалам темы получен патент на изобретение «Питательная среда для выделения Legionella pneumophila». Впервые сконструирован набор селективных сред для выделения легионелл на питательной основе СЭЛ в виде универсальной среды ВСЭЛ. Получены результаты исследования влияния различных комбинаций факторов селективности на биологические свойства среды. Получены результаты испытания нового комплексного препарата при лабораторном исследовании объектов внешней среды и модельных смесей материала от людей на наличие L. pneumophila. На среду ВСЭЛ подана заявка на патент; разработаны и утверждены ТУ и Инструкция по применению. Осуществляется процесс Государственной регистрации питательной среды для выделения, культивирования и первичной идентификации возбудителя легионеллёза селективной, готовой к применению (ВСЭЛ). Питательная среда ВСЭЛ имеет несколько вариантов (с различными селективными добавками), предназначенных для выделения возбудителя легионеллеза из различных объектов окружающей среды и клинического материала. Позволяет также проводить первичную идентификацию легионелл.
  • Заключительный отчет по НИР 156-4-13 «Особенности генотипов Helicobacter pylori у больных с гастродуоденальной патологией». Впервые разработан способ дифференциации H. pylori по VNTR-локусам. Впервые проведено сравнительное VNTR генотипирование штаммов H. pylori, циркулирующих в Ростовской и Астраханской области. Впервые проведено сравнительное изучение CagA и VacA генотипов H. pylori у различных возрастных групп населения Ростовской области. Предлагаемый способ дифференциации может быть использован в молекулярной эпидемиологии, а также в клинической практике для выявления случаев рецидива и реинфекции и для изучения эффективности эрадикации H. pylori. Получен патент «Способ дифференциации штаммов Helicobacter pylori методом мультилокусного VNTR-типирования». Зарегистрирована база данных «Генотипы штаммов Helicobacter pylori, циркулирующих в Ростовской и Астраханской области: INDEL, Cag, Vac». Создана и подготовлена к государственной регистрации база данных VNTR-генотипов штаммов H. pylori, выделенных от больных с гастродуоденальной патологией в Ростовской (РО) и Астраханской (АО) областях.

 

Нормативно-методические документы, федерального уровня внедрения:

В качестве основного разработчика:

  • Подготовлены и направлены в Роспотребнадзор Предложения к действующим СП 3.1.2521-09 в части, касающейся районирования субъектов Российской Федерации по типам эпидемических проявлений холеры.

 

Методические документы, федерального уровня внедрения:

В качестве соисполнителей, специалистами института переработаны:

1   МУ «Неспецифическая профилактика заболеваний населения в сочетанных природных очагах чумы и других опасных инфекционных болезней на территории Российской Федерации».

 

Информационно-методические документы (методические рекомендации и информационно-методические письма):

1   Информационное письмо: «Об эпидемиологической ситуации по холере в  2016 году и прогноз на 2017 год  в мире, странах СНГ и России» направлено в Роспотребнадзор и передано Руководителю Роспотребнадзора А.Ю. Поповой. Данное письмо Роспотребнадзором было направлено в адреса Руководителей управлений Роспотребнадзора по субъектам РФ и железнодорожному транспорту, Руководителям ПЧУ, Руководителям органов исполнительной власти в субъектах РФ в области охраны здоровья (№ 01/1505-17-32 от 8.02.2017 г.).

2   Информационное письмо «Результаты мониторинговых исследований воды поверхностных водоемов РФ» направлено в Роспотребнадзор (исх.№ 1402-17-09 от 22.11.17).

3   Методические рекомендации «Правила работы с бактериофагами микроорганизмов I-IV групп патогенности». Документ рассмотрен специалистами всех научно-исследовательских противочумных институтов, внесены дополнения. Методические рекомендации направлены в Роспотребнадзор для утверждения на федеральном уровне (исх. № 1261-17-19 от 13.10.2017 г.).

4   Методические рекомендации «Отбор и микробиологическое исследование проб балластных вод морских (речных) судов, выполняющих международные рейсы» актуализированы, обсуждены на Учёном совете (№ 11 от 12.12.2017 г.), утверждены директором института и направлены для утверждения в Роспотребнадзор (исх. № 1574-17-09 от 13.12.2017 г.).

5   Предложения к методическим рекомендациям «Мультилокусное сиквенс-типирование Vibrio cholerae» направлены основному разработчику (ФКУЗ Иркутский НИПЧИ) (исх. № 1116-17-09 от 06.09.2017 г.).

 

Аналитические обзоры, информационные бюллетени, атласы

  • Информационные бюллетени об эпидемиологической обстановке в мире и в России по холере еженедельно отправляли в Федеральную службу Роспотребнадзора. №№ исх. писем: № 53-17-10 от 20.01.17; № 84-17-10 от 27.01.17; № 136-17-10 от 03.02.17; № 163-17-10 от 10.02.17; № 213-17-10 от 17.02.17; № 233-17-10 от 22.02.17; № 286-17-10 от 03.03.17; № 310-17-10 от 10.03.17; № 340-17-10 от 17.03.17; № 365-17-10 от 24.03.17; № 387-17-10 от 31.03.17; № 435-17-10 от 07.04.17; № 468-17-10 от 14.04.17; № 525-17-10 от 21.04.17; № 607-17-10 от 28.04.17; № 618-17-10 от 05.05.17; № 635-17-10 от 12.05.17; № 659-17-10 от 19.05.17; № 675-17-10 от 26.05.17; № 708-17-10 от 02.06.17; № 732-17-10 от 09.06.17; № 760-17-10 от 16.06.17; № 782-17-10 от 23.06.17; № 809-17-10 от 30.06.17; № 843-17-10 от 07.07.17; № 877-17-10 от 14.07.17; № 910-17-09 от 21.07.17; № 952-17-09 от 28.07.17; № 978-17-09 от 04.08.17; № 1003-17-09 от 11.08.17; № 1020-17-09 от08.17; № 1050-17-09 от 18.08.17; № 1060-17-09 от 21.08.17; № 1064-17-09 от 23.08.17; № 1080-17-09 от 25.08.17; № 1081-17-09 от 25.08.17; № 1085-17-09 от 25.08.17; № 1102-17-09 от 01.09.17; № 1103-17-09 от 01.09.17.
  • Еженедельное размещение информации об эпидемиологической обстановке в мире по холере на сайте ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора. Еженедельные и внеочередные Информационные бюллетени публикуются на сайте ФКУЗ Ростовского-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора http://antiplague.ru.

 

Научно-техническая документация.

Патенты, заявки на изобретения, программы для ЭВМ, базы данных:

  • Патент № 2612137 от 02.03.2017г. «Способ идентификации подвидов возбудителя туляремии Francisella tularensis subsp. tularensis, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica». Авторы: Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Олейников И.П., Павлович Н.В., Цимбалистова М.В.
  • Патент № 2630645 от 11.09.2017 г. «Способ снижения резистентности возбудителя туляремии к цефалоспоринам (варианты)». Авторы: Павлович Н.В., Цимбалистова М.В.
  • Патент № 2625869 от 19.07.2017г. «Способ отбора проб с поверхности водоемов для определения присутствия холерных вибрионов, и переносное устройство для его осуществления». Авторы: Титова С.В., Веркина Л.М., Головин С.Н., Тришина А.В.
  • Патент № 2627192от 03.08.2017г. «Способ молекулярно-генетического внутривидового типирования токсигенных штаммов Vibrio cholerae O1 El Tor». Авторы: Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Олейников И.П.
  • Патент № 2628098 от 14.08.2017г. «Способ оценки чувствительности биопленок холерных вибрионов к антибактериальным препаратам». Авторы: Селянская Н.А., Веркина Л.М., Титова С.В.
  • Решение о выдаче патента № 2016146441/10(074562) от 23.11.2017 г. «Способ идентификации штаммов вида parahaemolyticus методом полимеразной-цепной реакции в режиме реального времени (Real-Time PCR)». Авторы: Чемисова О.С., Полеева М.В., Трухачев А.Л., Рыковская О.А.
  • Решение о выдаче патента от 07.08.2017г. по заявке №20161300660 «Способ дифференциации штаммов Yersinia pestis на основной и неосновной подвиды методом ПЦР в режиме реального времени». Авторы: Трухачев А.Л., Сочивко Д.Г., Конавалова Н.В., Благодатских К.А., Кузнецова Д.А.
  • Заявка на получение патента № 2017141330 (приоритет от 27.11.2017 г.) «Штамм parahaemolyticus , используемый в качестве продуцента прямого термостабильного гемолизина (TDH)». Авторы: Чемисова О.С., Полеева М.В., Рыковская О.А., Сагакянц М.М.
  • Заявка на получение патента № 2017106543 (приоритет от 27.02.2017 г.) «Способ дифференциации штаммов Yersinia pestis на токсически активные и неактивные». Авторы: Тынянова В.И., Зюзина В.П., Демидова Г.В., Соколова Е.П.
  • Заявка на получение патента № 2017100642 от 10.01.2017 г. «Способ получения препарата белка Omp T для моделирования противохолерного иммунитета у экспериментальных животных». Авторы: Иванова И.А., Мишанькин Б.Н., Омельченко Н.Д., Шипко Е.С., Филиппенко А.В., Беспалова И.А.
  • Заявка на получение патента № 2017108346 от 13.03.17г. «Способы получения образцов биопленок холерных вибрионов для исследования методом трансмиссионной электронной микроскопии». Авторы: Головин С.Н., Титова С.В., Симонова И.Р.
  • Заявка на получение патента № 2017127677 от 1.08.2017 г. «Штамм культивируемых гибридных клеток животного Mus Musculus – продуцент моноклонального антитела к мембранному белку, общему для tcp+ штаммов холерных вибрионов О1 и О139 серогрупп». Авторы: Алексеева Л.П., Евдокимова В.В.
  • Заявка на получение патента № 2017127664 от 1.08.2017 г. «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированный ген гемолиза Vibrio cholerae и штамм Escherichia coli – суперпродуцент гемолизина Vibrio cholerae». Авторы: Монахова Е.В., Писанов Р.В., Демидова Г.В., Непомнящая Н.Б.
  • Заявка на получение патента № 2017131017 от 1.09.2017 г. «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированные гены биосинтеза сидерофора иерсиниахелина возбудителя чумы, способ ее получения и штамм Yersinia pestis – супер продуцент иерсиниахелина». Авторы: Подладчикова О.Н., Рыкова В.А., Кузнецова Д.А.
  • Заявка на получение патента № 2017127665 от 1.08.2017 г. «Способ идентификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генотипических детерминант». Авторы: Левченко Д.А., Кругликов В.Д.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Спектр микрофлоры открытых водоемов г. Ростова-на-Дону чувствительность / устойчивость к антибактериальным препаратам» № 2017620443 от 18.04.2017г. Авторы: Березняк Е.А., Тришина А.В., Архангельская И.В., Симонова И.Р. и др.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Холерные вибрионы не О1/не О139 серогрупп, циркулирующих на территории республики Калмыкия» № 2017620363 от 03.04.2017 г. Авторы: Архангельская И.В., Непомнящая Н.В., Водопьянов А.С., Монахова Е.В.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «VNTR-генотипы штаммов Helicobacter pylori в Ростовской и Астраханской области» № 2017621151 от 4.10.2017 г. Авторы: Сорокин В.М. и др.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных ГИС «Эпидемиологический надзор за холерой» № 2017620636 от 9.06.2017 г. Авторы: Титова С.В., Водопьянов А.С., Олейников И.П., Водопьянов С.О.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных ГИС «Антибиотикорезистентность холерных вибрионов Эль Тор, выделенных на территории Российской Федерации (2005-2016 г.)» № 2017621246 от 27.10.2017 г. Авторы: Селянская Н.А., Водопьянов А.С., Егиазарян Л.А., Веркина Л.М.
  • Свидетельство о гос. регистрации Базы данных ГИС «Кадастр стационарно неблагополучных по сибирской язве пунктов в Ростовской области» № 2017620346 от 24.03.2017 г. Авторы: Водяницкая С.Ю., Водопьянов А.С., Баташев В.В., Водопьянов С.О., Логвин Ф.В., Киреев Ю.Г.
  • Свидетельство о гос. регистрации Программы «Seg – Analyzer» – предназначенная для анализа результатов полногеномного секвенирования Vibrio cholerae, определения краткости вариабельных тандемных повторов (VNTR), выявления INDEL – маркеров. № 2017613695 от 24.03.2017г. Авторы: Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Писанов Р.В., Олейников И.П., Иванов С.А.
  • Заявка на гос. регистрацию Базы данных ГИС «Крымская геморрагическая лихорадка. Эпидемиологические типы заболеваемости. Эпизоотическое состояние природного очага» (исх. № 1435-17-09 от 4.12.2017). Авторы: Пичурина Н.Л. и др.
  • Заявка на гос. регистрацию Базы данных «Генотипы штаммов Helicobacter pylori, циркулирующих в Ростовской и Астраханской областях: INDEL, Cag, Vac. ГИС» (исх.№ 925-17-09 от 25.07.2017 г.). Авторы: Сорокин В.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Голубкина Е.В., Березняк Е.А.
  • Заявка на гос. регистрацию Компьютерной программы для обнаружения INDEL-мутаций в геномах секвенированных штаммов Yersinia pestis (исх. № 1406-17-09 от 23.11.2017 г.). Авторы: Трухачев А.Л. и др.

 

Документация на иммунобиологические препараты

  • Получено свидетельство о государственной регистрации Питательной среды для выделения и культивирования возбудителя легионеллёза элективная (СЭЛ). РЗН 2017/5800 от 29.05.2017 г.
  • Завершается процесс государственной регистрации Питательной среды для выделения, культивирования и первичной идентификации возбудителя легионеллёза селективная, готовая к применению (ВСЭЛ).
  • Завершается процесс государственной регистрации Жидкой накопительной питательной среды для культивирования и выделения холерного вибриона, готовая к использованию. Холерная дрожжевая среда накопительная  (ХДС – Н).
  • НД (ТУ и Инструкция по применению) на Тест-систему для видовой идентификации parahaemolyticus и определения TDH и TRH методом ПЦР в реальном времени обсуждены на Учёном совете (протокол № 12 от 14.12.2017г.) и утверждены директором института.

 

Депонированные, паспортизованные штаммы:

  • Депонирование штамма Vcholerae О1 17551. Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2043. Справка от 26.04.2017.
  • Депонирование штамма parahaemolyticus ‒ продуцента термостабильного прямого гемолизина. Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2027. Справка от 17.02.2017.
  • Депонирование штаммов кишечной палочки — продуцентов рекомбинантных белков холерного токсина, гемолизина, нейраминидазы холерных вибрионов, гемолизина TRH и предполагаемой липазы parahaemolyticus. 2 штамма депонированы в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» под номерами: КМ 2028 и КМ 2029.  Справки от 17.02.2017. Еще 1 штамм направлен на депонирование в ГКПБ «Микроб» (исх. № 1274-17-09 от 18.10.2017).
  • Депонирование тест-штаммов cholerae El Tor предназначенных для размножения холерных фагов, перспективных для идентификации холерных вибрионов.
  • 2 штамма депонированы в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» под номерами: КМ-2044, КМ-2045. Справки от 16.06.2017 г.
  • Депонирование 313 последовательностей ДНК штаммов холерного вибриона, участков генома, отдельных генов и их продуктов: В NCBI GenBank депонированы нуклеотидные последовательности ДНК cholerae:  полной последовательности профага pre-CTX 1 штамма (KY569282, 06.02.17); rtxA 28 штаммов (KY569275-KY569280, 06.02.17; KY741960-KY741972, KY741974, KY419976-KY741981, 09.03.17; MF417378, MF417379, 01.07.17); RTX-кластера 1 штамма (KY569281, 06.02.17); cholix-токсина (chxA) 6 штаммов (KY595954- KY595959, 09.02.17); полных последовательностей кластеров генов системы секреции IIIтипа (T3SS) 3 штаммов (MF374350-MF374352, 2306.17); кластеров vpsI-rbmvpsII 21 штамма (MF498890-MF498893, 19.07.17; MG521386-MG521402, 15.11.17); msh-кластеров 23 штаммов (MG551931-MG551953, 21.11.17); а также генов rtxC37 штаммов (MF100056-MF100068, MF358505-MF358528), гемагглютинин/протеазы (hapA) 27 штаммов (MF099968-MF099981, MF358482-MF358504), гемолизина (hlyA) 9 штаммов (MF099992-MF100000), маннозочувствительных пилей (mshA), 13 штаммов (MF100001- MF100013), нейраминидазы (nanH) 13 штаммов (MF100014-MF100026), белков наружной мембраны ompU  9 штаммов (MF100027-MF100035) и ompW 33 штаммов (MF100036-MF100046, MF033150-MF033153, MF099902-MF099919), металлопротеазы prtV 36 штаммов (MF100047- MF100055, MF099941-MF099967), сериновой протеазы VC1649  12 штаммов (MF100078-MF100089), коллагеназыVC1650 6 штаммов (MF100090- MF100095), глобального регулятора  toxR 30 штаммов (MF100069- MF100077, MF099920-MF099940), регуляторных генов (hapR) 38 штаммов (MF099982-MF099991, MF100096-MF100121, MF498894, MF498895), vpsT 2 штаммов (MF498898, MF498899), cytR 2 штаммов (MF498896, MF498897) – июль 2017 г.
  • Депонирование бактериофага № 6 cholerae в коллекцию бактериофагов ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора под № ФК-109 от 13.06.2017 г.

 

Методические документы, регионального уровня внедрения:

  • Информационное письмо о проведении эпизоотологического обследования территории Ростовской области и результатах лабораторных исследований полевого материала на наличие возбудителя КГЛ за I квартал 2017 года направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. № 404-17-09 от 03.04.2017 г.).
  • Информационное письмо «Анализ состояния биоценотической структуры природных очагов моноцитарного эрлихиоза человека и гранулоцитарного анаплазмоза человека в Ростовской области с прогнозом развития эпизоотологической и эпидемиологической ситуации» направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. № 811-17-10 от 30.06.2017 г.).
  • Информационное письмо об эпизоотологической ситуации по природно-очаговым инфекциям на контролируемой территории Ростовской области в 2017 году направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по Ростовской области» (исх. № 630-17-10 от 11.05.2017 г. А также информация размещена на сайте института http://antiplague.ru/информационное-письмо/
  • Информационные письма с прилагаемыми памятками (на русском и английском языках) по профилактике холеры, туляремии и ЛЗН для обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения Ростовской области в период подготовки и проведения игр Чемпионата мира по футболу – 2018 в г. Ростове-на-Дону направлены в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. №: от 04.04.2017 № 411-17-10; от 19.04.2017 № 517-17-10; от 27.06.2017 № 791-17-10).
  • Информационные письма об эпидемиологической ситуации в мире по инфекционным болезням в соответствии с СП 3.4.2318-08 «Санитарная охрана территории Российской Федерации» (12 писем в год для Ростовской области) направлены в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. №: от 31.01.17. № 110-17-10; от 28.02.17. № 265-17-10; от 30.03.17. № 3 81-17-10; от 02.05.17. № 612-17-10; от 31.05.17. № 702-17-10; от 30.06.17. № 805-17-10; от 31.07.17. № 957-17-09; от 25.08.17. № 1084-17-09; от 03.10.2017 №1210-17-09; от 30.10.2017-№1320-17-09; от 30.11.2017-№1423-17-09.
  • Информационное письмо «Анализ состояния биоценотической структуры природных очагов туляремии в Ростовской области с прогнозом эпизоотологической и эпидемиологической ситуации на период 2017 года» направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по Ростовской области» (исх. № 304-17-10 от 07.03.2017 г.).
  • Информационное письмо «Обзор состояния активности природных очагов туляремии в Ростовской области с прогнозом эпизоотологической и эпидемиологической ситуации» направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по Ростовской области» (исх. № 811-17-10 от 30.06.2017 г.).
  • Информационные письма «О выполнении мероприятий комплексного плана ЧМ-2018» направлены в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. №: от 11.01.17. № 17-17-10; от 12.01.17. № 25-17-10; от 14.03.17. № 319-17-10; от 03.04.17. № 408-17-10; от 17.04.17. № 497-17-10; от 07.07.17. №847-17-10; от 03.07.17. №817-17-10).
  • Информационное письмо по эпидемиологическим рискам внешних и внутренних биологических угроз в период подготовки и проведения игр ЧМ-2018 в г. Ростове-на-Дону направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области (исх. № 763-17-10 от 16.06.2017 г.).
  • Информационное письмо «Выявление на территории  Ростовской области иксодового клеща Dermacentor reticulatus – переносчика возбудителей природно-очаговых инфекций» направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по Ростовской области» (исх. № 611-17-10 от 02.05.2017 г.). А также информация размещена на сайте института http://antiplague.ru/информационное-письмо/
  • Информационное письмо об эпизоотологической ситуации по лихорадке Западного Нила и других арбовирусных инфекций на контролируемой территории Ростовской области в 2017 году направлено в Управление Роспотребнадзора (исх. № 497-17-10 от 17.04.2017 г.).
  • Сборник «Краткий курс популярных лекций по инфекционным (паразитарным) болезням, требующим проведения мероприятий по санитарной охране территории» обсужден на ученом совете (протокол № 5 от 6.07.2017 г.) и утвержден директором института. Внедрен: в морских пунктах пропуска (МПП) Ростовской области: МПП Азов, МПП Ростов-на-Дону, МПП Таганрог; в воздушном пункте пропуска аэропорта г. Ростов-на-Дону; в многосторонних автомобильных пунктах пропуска (МАПП): МАПП Новошахтинск, МАПП Донецк, МАПП Весело-Вознесенска, МАПП Матвеев Курган, МАПП Куйбышево, МАПП Волошино; в двусторонних автомобильных пунктах пропуска ДАПП Чертково. Получены акты внедрения из 3 пунктов автомобильного пропуска; 1 морского пункта пропуска; 1 воздушного пункта пропуска. Из остальных пунктов пропуска получены фотоотчеты об использовании Курса лекций.
  • Инструкция «Требования к проведению мероприятий по утилизация медицинских отходов класса В». Подготовлена по запросу оперативного штаба Управления Роспотребнадзора по Ростовской области по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия и защиты прав потребителей в период подготовки и проведения Чемпионата мира по футболу 2018 г. Направлена для использования в работе  в Управление Роспотребнадзора по РО и Министерство здравоохранения РО (исх. №  1001-17-09 от 11.08.2017).
  • Наглядное пособие (памятка) по надеванию/снятию защитных костюмов различных типов для специалистов медицинских организаций и клинико-диагностических лабораторий (с учётом требований СП 1.3.3118-13). Подготовлена по запросу оперативного штаба Управления Роспотребнадзора по Ростовской области по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия и защиты прав потребителей в период подготовки и проведения Чемпионата мира по футболу 2018 г. Направлена для использования в работе  в Управление Роспотребнадзора по РО и Министерство здравоохранения РО (исх. №  974-17-09 от 27.07.2017).