• Суббота, Февраль 20th, 2016

Результаты научной деятельности ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора в 2018 г.
отражены в следующих документах федерального уровня внедрения: в качестве основного исполнителя – 1 промежуточный отчет о НИР, выполненной в рамках Федеральной целевой программы «Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации (2015-2020 годы)»; 6 заключительных отчетов о НИР, выполненных в рамках отраслевой программы на 2016-2020 гг.; предложения к 1 СП; 2 проекта МУК; 1 МР; 3 информационно-методических письма; еженедельные информационные бюллетени (50 единиц); 3 информационных справки; 10 патентов, 6 приоритетных справок, 2 заявки на получение патента;  8 свидетельств на регистрацию баз данных и 3 заявки на регистрацию БД; 2 свидетельства на регистрацию компьютерной программы; завершается процесс государственной регистрации 1 питательной среды; 13 справок о депонировании штаммов в государственных коллекциях; депонирование в NCBI GenBank 7 полногеномных сиквенсов и нуклеотидные последовательности 48 штаммов; 214 опубликованных научных работ (из них: индексируемых в Web of Science и Scopus — 11 работ; публикаций, индексируемых в РИНЦ – 84, в том числе в журналах из перечня ВАК – 30; 103 работы в других отечественных изданиях; 15 работ в зарубежной печати; сотрудники института являются соавторами 1 монографии); кроме того, еще 20 работ направлено в печать в издания ВАК; на сайте ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора создан и работает ГИС-портал, доступный для сотрудников учреждений Роспотребнадзора. Еще 49 разработанных документов внедрены на региональном уровне и 9 — на учрежденческом. Сотрудниками института защищено 3 диссертации на соискание ученой степени кандидата наук; еще над 4 докторскими и 7 кандидатскими диссертациями работа продолжается.

В 2018 г. в ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора подготовлено 6 заключительных отчетов по завершенным НИР (в качестве основного исполнителя):

  1. Заключительный отчет по НИР 171-4-14 «Изучение транс-кодируемых малых РНК, ассоциированных с белком Hfq, Vibrio cholerae O1 серогрупп». В ходе исследования изучена возможность профилирования и сравнительного анализа штаммов cholerae O1 серогруппы по основному пулу малых и матричной РНК. Обнаружены 46 новых, потенциальных малых РНК характерные только для токсигенных штаммов V. cholerae, ранее не описанных. Разработан метод выделения основного пула малых и информационной РНК V. cholerae с целью профилирования и их характеристики. Сконструирован латексный антительный диагностикум для определения токсинопродукции in vitro и характеристики токсигенных штаммов V. cholerae. Разработан методический подход к профилированию штаммов V. cholerae по транскриптому. В ГКПБ «Микроб» депонирован штамм E.coli: Jm109 pHFQ2.21 – суперпродуцент шаперона Hfq V.cholerae О1, получена справка о приоритете для получения патента (№ 2018140289). Нуклеотидная последовательность полного генома V. cholerae 5879 зарегистрирована в базе данных NCBI под номером NZ_PQBQ01000000. Нуклеотидные последовательности cеквенированных штаммов Vcholerae O1 подготовлены к депонированию в международной базе NCBI. Разработаны и утверждены (протокол № 9 от 19.10.2017) методические рекомендации по выделению основного пула матричной и малых РНК из V. cholerae без применения ферментов, разрушающих ДНК. Создана и зарегистрирована база данных «Потенциально малые РНК токсигенных штаммов V. cholerae О1» (№ 2018621710 от 01.11.2018). Методические рекомендации по определению титра холерогена у токсигенных штаммов V. cholerae О1 обсуждены на заседании ученого совета (протокол № 4 от 26.06.2018) и утверждены директором института. Проект нормативной документации антительного латексного диагностикума для выявления и определения титра холерогена у токсигенных штаммов Vcholerae О1 обсужден на заседании ученого совета (протокол № 4 от 26.06.2018 г.) и утвержден директором института.
  2. Заключительный отчет по НИР 180-4-15 «Изучение вибриопейзажа и санитарно-гигиенических характеристик поверхностных водоемов города Ростова-на-Дону». В ходе исследования разработаны способы качественной и количественной оценки холерных вибрионов в составе мультивидовых или мультиродовых биопленок, установлена способность токсигенных штаммов V. сholerae O1, О139 к выживанию в сложных биопленках. На основе анализа в ПЦР уникальных INDEL-маркеров холерных вибрионов разработан метод оценки ингибирующей активности (патент № 2596401 от 10.09.2016). У токсигенных вибрионов выявлена способность формировать биопленки на поверхности пластика, т.е. у них есть возможность занять новую экологическую нишу в пластисфере. Теоретически этот процесс может привести к глобальному распространению вибрионов на частицах пластисферы морскими течениями. Предложен новый способ отбора воды из поверхностных водоемов для определения присутствия холерных вибрионов и переносное устройство для его осуществления, повышающий эффективность мониторинга холеры. Разработана и представлена к регистрации пополняемая геоинформационная система «Водоемы г. Ростова-на-Дону» (заявка № 426374936 от 18.12.2018), позволяющая проводить сравнительный многофакторный анализ результативности мониторинговых исследований на холеру и оценивать эпидемиологическую ситуацию. Получены акты внедрения в Управлении Роспотребнадзора по Ростовской области от 17.08.2017 и в Управлении Роспотребнадзора по Брянской области от 11.09.2017 на «Эпидемиолого-географический атлас Российско-Украинская граница». Часть 1 – «Реки», предназначенный для обеспечения справочной информацией специалистов Роспотребнадзора и здравоохранения. На разработанный и апробированный новый «Способ отбора воды из поверхностных водоемов для определения присутствия холерных вибрионов и переносное устройство для его осуществления» (патент на изобретение № 2625869 от 28.03.2016) получены акты внедрения: ФКУЗ «Северо-Кавказская ПЧС» Роспотребнадзора от 14.04.2017; Управление Роспотребнадзора по Ростовской области от 17.04.2017; ФБУЗ «ЦГиЭ в Республике Калмыкия» от 24.08.2017; ФКУЗ «Элистинская ПЧС» Роспотребнадзора от 24.08.2017.
  3. Заключительный отчет по НИР 182-4-16 «Молекулярные основы персистенции, эпидемического и патогенетического потенциала холерных вибрионов различного происхождения». Впервые секвенированы геномы холерных вибрионов, выделенных в РФ, определены аллели генов факторов патогенности/персистенции, в том числе ранее не описанные, охарактеризован «отечественный резервуар» этих аллелей. Проведен биоинформационный анализ полных геномов, выявлены родственные связи с холерными вибрионами из других регионов мира.Установлены на молекулярно-генетическом уровне критерии оценки эпидемического потенциала холерогенных штаммов возбудителей, основанные на структуре генов ctxB, tcpA, rtxA и острова пандемичности VSPII;  патогенетического потенциала нетоксигенных штаммов разных серогрупп на основе наличия и структуры островов VPI и VPI-2, профагов pre-CTX, кластеров RTX, контакт-зависимых систем секреции T3SS и T6SS, генов сериновой протеазы (VC1649), термостабильного токсина (stn); вероятности сохранения штаммов обоих групп в объектах окружающей среды и их распространения на территории РФ с учетом присутствия интактных генов факторов жизнеобеспечения и конкурентоспособности: острова VPI-2, кластеров генов маннозочувствительных пилей (msh), T6SS, генов протеазы PrtV, cholix-токсина (chxA), белков наружной мембраны (omp). Разработана новая программа GeneGraph для биоинформационного анализа. Пополнена база данных «Астролябия», доступная на сайте  http://astrolab.antiplague.ru/. Сформирована коллекция эталонных штаммов, несущих определенные аллели генов, делеции островов патогенности и персистенции, для сравнительных научных исследований, проведена их паспортизация. Депонированы в ГКПБ «Микроб» штаммы V. cholerae O1 (КМ 2025) и nonO1/nonO139 19190 (КМ 2026) (16.08.2016), 13 штаммов O1 и неО1/неО139 серогрупп с установленными генотипичекскими характеристиками (11.2018). Зарегистрированы базы данных «Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп республики Калмыкия» (свидетельство № 2017620363 от 03.04.2016) и «Геноварианты Vibrio cholerae – Россия и пограничные страны» (свидетельство № 2018621784 от 12.11.2018). База данных «Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп республики Калмыкия», а также созданная ранее «Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп, циркулирующие в Ростовской области», внедрены в работу Музея живых культур РостНИПЧИ (акты о внедрении от 27.06.2018) и Волгоградского НИПЧИ (акты о внедрении от 04.06.2018). Нуклеотидные последовательности депонированы в NCBI Genbank.
  4. Заключительный отчет по НИР 183-4-16 «Экспериментальное обоснование возможных путей преодоления антибиотикоустойчивости у холерных вибрионов». В ходе исследования проведен анализ встречаемости маркеров антибиотикорезистентности и их сочетаний на основе антибиотикограмм 515 штаммов вибрионов Эль Тор и неО1/неО139, выделенных на территории Ростовской области и РФ в 2007-2017 гг. Зарегистрированы Базы данных «Фенотипы антибиотикорезистентности холерных вибрионов различных серогрупп, выделенных на территории Ростовской области» (св-во о гос.регистрации №2018620078 от 12.01.2018) и «Антибиотикорезистентность холерных вибрионов Эль Тор, выделенных на территории Российской Федерации (2005-2016)» (св-во о государственной регистрации №2017621246 от 27.10.2017). Определены наиболее эффективные в отношении множественноустойчивых штаммов возбудителя холеры комбинации антибактериальных препаратов и неантибактериальных средств с антибиотиками и предложен способ повышения чувствительности холерных вибрионов к антибактериальным препаратам (заявка на изобретение: исходящий № 814-18-09 от 25.06.2018). Показана эффективность пектина в отношении холерных вибрионов различных серогрупп и образованных ими биоплёнок. Депонирован в коллекцию бактериофагов ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора: ФК-109 бактериофаг № 6 Vcholerae (дата депонирования: 13.06.2017), лизирующий штаммы V. cholerae O1 серогруппы биоваров Classical и El Tor, в том числе антибиотикоустойчивый штамм Vcholerae El Tor Применение данного фага обеспечивает эффективность при профилактике и лечения холерной инфекции у белых мышей в эксперименте. Проведен анализ данных полногеномного секвенирования около 500 штаммов V.cholerae на наличие генов антибиотикорезистентности. Депонированные в NCBI GenBank нуклеотидные последовательности штамма V. cholerae El Tor 18963 (код доступа QENR01000001- QENR01000066, дата депонирования 07.05.2018) могут быть использованы при изучении и детекции «молчащих» генов антибиотикорезистентности. Депонированы в ГКПБ РосНИПЧИ «Микроб» V. cholerae El Tor № КМ2025 и V. choleraе non O1 / non O139 КМ 2026.
  5. Заключительный отчет по НИР 184-4-16 «Повышение иммуногенных и протективных свойств таблетированной холерной бивалентной химической вакцины с помощью разных по происхождению иммуномодуляторов у экспериментальных животных». Впервые изучено влияние разных по происхождению иммуномодуляторов на иммуногенные и протективные свойства вакцины холерной бивалентной химической, таблетки (ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора), а также на функциональную активность эффекторов системного и местного клеточного и гуморального иммунного ответа у вакцинированных различными дозами вакцины животных. Получены новые данные, свидетельствующие о стимулирующем действии иммуномодуляторов на различные звенья противохолерного иммунитета. Впервые показано, что изученные иммуномодуляторы повышают иммуногенные свойства антигенов, входящих в состав холерной вакцины, как в начальные, так и отдаленные сроки поствакцинального периода. Оценена эффективность и целесообразность применения полиоксидония, дерината, ликопида для совершенствования специфической профилактики холеры. Впервые выявлено увеличение протективности антигенов, входящих в состав холерной вакцины под влиянием иммуномодуляторов. Показано, что наиболее эффективным в этом плане было применение ликопида, который через месяц предотвращал развитие инфекции в тонком кишечнике у всех взятых в эксперимент взрослых кроликов, даже вакцинированных сниженной дозой, и защищал от генерализованной холеры 100 % белых мышей. Также применение этого иммуномодулятора в три раза увеличивало протективность противохолерной вакцины в отдаленные сроки поствакцинального периода. Предложен способ, позволяющий увеличить протективную активность вакцины с помощью иммуномодулятора ликопида на всех этапах формирования поствакцинального иммунитета. Предложены эффективные схемы использования полиоксидония, дерината, ликопида для повышения иммуногенных и протективных свойств вакцины холерной бивалентной химической, таблетки (ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора). Предложен способ усиления протективной активности вакцины с помощью иммуномодулятора ликопида в разные сроки поствакцинального периода. Методические рекомендации «Способ повышения иммуногенности таблетированной бивалентной противохолерной вакцины» утверждены Ученым Советом (протокол № 6, 15.08.2017) и направлены разработчикам вакцины в РосНИПЧИ «Микроб» (исх. 898-18-09 от 04.07.18 г.). Получен патент «Способ получения препарата белка Omp T для моделирования противохолерного иммунитета у экспериментальных животных» (№ 2663102 от 01.08.2018).
  6. Заключительный отчет по НИР 188-1-17 «Научное обоснование совершенствования санитарно-карантинного контроля в воздушных, морских и автомобильных пунктах пропуска через Государственную границу Российской Федерации в современных условиях (на примере Ростовской области)». В ходе исследования выявлены особенности проведения СКК в условиях ЧС социального характера на сопредельной территории, направленные на: выявление больных с подозрением на инфекционные болезни, в том числе особо опасные; усиление межведомственного взаимодействия с сотрудниками государственных контрольных органов. Определены основные риски для принятия решения о проведении СКК судов в морских портах Ростовской области. Разработана структура межведомственного оперативного плана санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий в международных пунктах пропуска для работы в режимах повышенной готовности и ЧС санитарно-эпидемиологического характера. Приказ Роспотребнадзора от 19.12.2017 № 1181 «Об утверждении форм отраслевого статистического наблюдения №№ 1-17, 2-17, 8-17, 23-17, 26-17, 28-17»; Предложения к Приказу Роспотребнадзора от 29.11.2007 г. № 339 «Об утверждении инструкции о порядке оформления и выдачи Свидетельства об освобождении судна от санитарного контроля» (вместе с «Инструкцией о порядке оформления и выдачи Свидетельства об освобождении судна от санитарного контроля/Свидетельства о прохождении судном санитарного контроля») в соответствии с «Руководством по инспектированию судов и выдаче судовых санитарных свидетельств» ВОЗ (2012 г.). Создана база данных «ГИС международные транспортные сообщения. Ростовская область» (№ 2018621584 от 15.10.2018) и база данных «Инспектирование морских судов» (№ 2018621960, от 05.12.2018). Межведомственный оперативный план первичных медико-санитарных мер при возникновении чрезвычайной ситуации в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения в ВПП через государственную границу Российской Федерации Ростов-на-Дону (Платов), Утвержден Руководителем Управления Роспотребнадзора по Ростовской области 09.01.2018 г.

Нормативно-методические документы, федерального уровня внедрения:

В качестве основного разработчика:

  • Предложения ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт к районированию Российской Федерации по эпидемическому потенциалу в СП 3.1.1.2821-09 «Профилактика холеры. Общие требования к эпидемиологическому надзору за холерой на территории» направлено в Роспотребнадзор (№ 87-18-09 от 30.01.2018).

Методические документы, федерального уровня внедрения:

В качестве основного разработчика:

  1. Проект МУК «Лабораторная диагностика холеры».
  2. Проект МУК по контролю и управлению судовыми балластными водами и осадками в Российской Федерации (отправлен на федеральный уровень 08.10.2018 № 1348-18-09).

Информационно-методические документы (методические рекомендации и информационно-методические письма):

  1. Методические рекомендации «Правила работы с бактериофагами микроорганизмов I-IV групп патогенности». Документ рассмотрен специалистами всех научно-исследовательских противочумных институтов, внесены дополнения. Методические рекомендации находятся в Роспотребнадзоре для утверждения на федеральном уровне.
  2. Информационное письмо «Анализ эпидемиологической обстановки по холере в мире и России в 2017 г. Прогноз на 2018 г.» направлено в Роспотребнадзор (№ 44-18-09 от 17.01.2018).
  3. Информационное письмо «О способах обработки судового водяного балласта, контаминированного токсигенными холерными вибрионами» направлено в Роспотребнадзор (№ 89-18-09 от 30.01.2018).
  4. Информационно-методическое письмо «Способ повышения иммуногенности таблетированной бивалентной противохолерной вакцины» направлено разработчику вакцины (в РосНИПЧИ «Микроб», исх. 898-18-09 от 04.07.2018).

Аналитические обзоры, информационные бюллетени, атласы

  1. Информационные бюллетени об эпидемиологической обстановке в мире и в России по холере еженедельно отправляли в Федеральную службу Роспотребнадзора. №№ исх. писем: № 18-18-09 от 12.01.2018; № 52-18-09 от 19.01.2018; № 80-17-09 от 26.01.2018; № 116-18-09 от 02.02.2018; № 137-18-09 от 09.02.2018; № 170-18-09 от 16.02.2018; № 187-18-09 от 22.02.2018; № 206-18-09 от 02.03.2018; № 261-18-09 от 16.03.2018; № 303-18-09 от 23.03.2018; № 329-18-09 от 30.03.2018; № 365-18-09 от 06.04.2018; № 394-18-09 от 13.04.2018; № 438-18-09 от 20.04.2018; № 464-18-09 от 27.04.2018; № 537-18-09 от 04.05.2018; № 571-18-09 от 11.05.2018; № 599-18-09 от 18.05.2018; № 633-18-09 от 25.05.2018; № 659-18-09 от 01.06.2018; № 702-18-09 от 08.06.2018; № 753-18-09 от 15.06.2018; № 791-18-09 от 22.06.2018; № 850-18-09 от 22.06.2018; № 915-18-09 от 06.07.2018; № 958-18-09 от 13.07.2018; № 994-18-09 от 20.07.2018; № 1020-18-09 от 27.07.2018; № 1054-18-09 от 03.08.2018; № 1084-18-09 от 10.08.2018; № 1105-18-09 от 17.08.2018; № 1129-18-09 от 24.08.2018; № 1155-18-09 от 31.08.2018; № 1198-18-09 от 07.09.2018; № 1238-18-09 от 14.09.2018; № 1269-18-09 от 21.09.2018; № 1298-18-09 от 28.09.2018; № 1331-18-09 от 05.10.2018; № 1372-18-09 от 12.10.2018; № 1387-18-09 от 19.10.2018; № 1404-18-09 от 26.10.2018; № 1422-18-09 от 02.11.2018; № 1443-18-09 от 09.11.2018; № 1471-18-09 от 16.11.2018; № 1486-18-09 от 23.11.2018; № 1505-18-09 от 30.11.2018; № 1531-18-09 от 07.12.2018; № 1556-18-09 от 14.12.2018; № 1591-18-09 от 21.12.2018; № 1605-18-09 от 28.12.2018.
  2. Информационные бюллетени «Об эпидситуации по холере в Казахстане» №№ 1, 2, 3 направлено в Роспотребнадзор (исх. № 120-18-09 от 05.02.2018 г., № 129-18-09 от 07.02.2018 г., № 135-18-09 от 08.02.2018 г.).
  3. Еженедельное размещение информации об эпидемиологической обстановке в мире по холере на сайте ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора. Еженедельные и внеочередные Информационные бюллетени публикуются на сайте ФКУЗ Ростовского-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора http://antiplague.ru.
  4. Памятки для населения РФ и для участников ФИФА – 2018 на русском и английском языке распространены на территории Республики Крым (запрос от 16.04.2018 г. № 04-08/166), Ростовской области (запрос от 28.03.2018 г. № 27-09/8.), в медицинских организациях Северо-Кавказской железной дороги.

Научно-техническая документация.

Патенты, заявки на изобретения, программы для ЭВМ, базы данных:

  1. Патент № 2642273 от 24.01.2018 «Способ дифференциации штаммов Yersinia pestis на основной и неосновной подвиды методом ПЦР в режиме реального времени». Авторы: Трухачев А.Л., Сочивко Д.Г., Коковалова Н.В., Благодатских К.А., Кузнецова Д.А.
  2. Патент № 2644232 от 08.02.2018 «Способ идентификации штаммов вида Vparahaemolyticus методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Real-Time PCR)». Авторы: Чемисова О.С., Полеева М.В., Трухачев А.Л., Рыковская О.А.
  3. Патент № 2662938 от 31.07.2018 «Способ получения образцов биопленок холерных вибрионов для исследования методом трансмиссионной электронной микроскопии». Авторы: Титова С.В., Головин С.Н., Симонова И.Р.
  4. Патент № 2663003 от 31.07.2018 «Штамм культивированных гибридных клеток животного Mus Musculus — продуцент моноклонального антитела к мембранному белку, общему для tcp+ штаммов холерных вибрионов О1 и О139 серогрупп». Авторы: Алексеева Л.П., Евдокимова В.В.
  5. Патент № 2663102 от 01.08.2018 «Способ получения препарата белка Omp T для моделирования противохолерного иммунитета у экспериментальных животных». Авторы: Иванова И.А., Мишанькин Б.Н., Омельченко Н.Д., Шипко Е.С., Филипенко А.В., Беспалова И.А.
  6. Патент № 2663133 от 01.08.2018 «Способ дифференциации штаммов Yersinia pestis на токсически активные и неактивные». Авторы: Тынянова В.И., Соколова Е.П., Зюзина В.П., Демидова Г.В.
  7. Патент № 2665542 от 30.08.2018 «Способ индетификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генетических детерминант». Авторы: Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б.
  8. Патент № 2668805 от 02.10.2018 «Штамм Vibrio parahaemolyticus, используемый в качестве продуцента прямого термостобильного гемолизина (ТDH)». Авторы: Чемисова О.С., Полеева М.В., Рыковская О.А., Сагакянц М.М.
  9. Патент № 2671099 от 29.10.2018 «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированный ген гемолизина V. choleraе, и штамм Escherichia coli – суперпродуцент гемолизина V. choleraе». Авторы: Монахова Е.В., Писанов Р.В., Демидова Г.В., Непомнящая И.Б.
  10. Патент № 2670949 от 25.10.2018 «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированные гены биосинтеза сидерофора иерсиниахелина возбудителя чумы, способ ее получения и штамм Yersinia pestis – суперпродуцент иерсиниахелина». Авторы: Подладчикова О.Н., Рыкова В.А., Кузнецова Д.А.
  11. Получена приоритетная справка № 2018118456 от 18.05.2018 на патент «Способ оценки вирулентности in vitro штаммов туляремийного микроба подвидов Francisella tularensis subsp. tularensis, subsp. mediasiatica, subsp. holarctica». Авторы: Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Горбатов А.А.
  12. Получена приоритетная справка № 2018124130 от 02.07.2018 г. на патент «Способ повышения чувствительности холерных вибрионов к антибактериальным препаратам». Авторы: Селянская Н.А., Егиазарян Л.А.
  13. Получена приоритетная справка № 2018103604 от 30.01.2018 на патент «Способ моделирования биопленок, формируемых Vibrio choleraе О1 серогруппы на поверхности хитина». Авторы: Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Меньшикова Е.А., Курбатова Е.М., Титова С.В.
  14. Получена приоритетная справка № 2018133928 от 09.2018 на патент «Способ повышения эффективности противохолерной вакцинации для профилактики на экспериментальных животных». Авторы: Филиппенко А.В., Иванова И.А., Омельченко Н.Д., Беспалова И.А.,Труфанова А.А.
  15. Получена приоритетная справка № 2018140289 от 14.11.2018 на патент «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированный ген шаперона HFQ Vibrio choleraе, и штамм Escherichia coli – суперпродуцент шаперона HFQ Vibrio choleraе». Авторы: Писанов Р.В., Иванов С.А., Симакова Д.И., Водопьянов А.С.
  16. Получена приоритетная справка № 20181355336 от 5.10.2018 на патент «Способ дифференциации штаммов Helicobacter pylori путем молекулярно-генетического типирования». Авторы: Сорокин В.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В.
  17. Заявка на получение патента № 1480-18-09 от 19.11.2018 «Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированный ген нейроминидазы Vibrio choleraе, и штамм Escherichia coli – суперпродуцент нейроминидазы Vibrio choleraе». Авторы: Монахова Е.В., Демидова Г.В., Писанов Р.В., Дуванова О.В., Мишанькин Б.Н.
  18. Заявка на получение патента № 1584-18-09 от 19.12.2018 «Способ получения диагностикума для определения токсинопродукции холерного вибриона из объектов окружающей среды». Авторы: Писанов Р.В., Наркевич А.Н., Ларионова Л.В., Кочеткова А.П., Симонова Д.И.
  19. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Генотипы штаммов Helicobacter pylori, циркулирующих в Ростовской и Астрханской области: VNTR — лоскуты» (№ 2018620020 от 09.01.2018). Авторы: Сорокин В.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Голубкина Е.В., Березняк Е.А.
  20. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «ГИС Мониторинг судовых балластных вод в Российской Федерации» (№ 2018621059 от 12.07.2018). Авторы: Водяницкая С.Ю., Лях О.В., Иванова Н.Г., Баташев В.В., Рыжова А.А., Сергиенко О.В., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Архангельская И.В., Ежова М.И., Сагакянц М.М.
  21. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Фенотипы антибиотико-резистентности холерных вибрионов различных серогрупп, выделенных на территории Ростовской области» (№ 2018620078 от 12.01.2018). Авторы: Селянская Н.А., Березняк Е.А., Егиазарян Л.А., Тришина А.В., Веркина Л.М., Симонова И.Р., Архангельская И.В.
  22. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Коллекция рекомбинантных плазмид, экспрессирующих гены патогенных для человека вибрионов» (№ 2018620825 от 07.06.2018). Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Демидова Г.В., Непомнящая Н.Б.
  23. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Геноварианты Vibrio cholerae – Россия и пограничные страны» (№ 2018621784 от 12.11.2018). Авторы: Писанов Р.В., Кулешов К.В., Монахова Е.В., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Титова С.В., Демидова Г.В., Непомнящая Н.Б., Кругликов В.Д., Ковалев Д.А., Писаренко С.В., Жиров А.В., Савельева И.В., Васильева О.В., Савельев В.Н., Куличенко А.Н.
  24. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «ГИС Международные транспортные сообщения. Ростовская область» (№ 2018621584 от 15.10.2018). Авторы: Рыжков Ю.В., Водопьянов А.С., Москвитина Э.А.
  25. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Потенциально малые РНК токсигенных штаммов cholerae О1» (№ 2018621710 от 1.11.2018). Авторы: Писанов Р.В., Водопьянов А.С., Сорокин В.М., Захаров М.В.
  26. Свидетельство о гос. регистрации Базы данных «Инспектирование морских судов» (№ 2018621960 от 05.12. 2018). Авторы: Рыжков Ю.В., Водопьянов А.С., Москвитина Э.А., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Беспалова С.А., Косорукова О.Г.
  27. Заявка на гос. регистрацию Базы данных «ГИС Единая эпидемиологическая карта г. Ростова-на-Дону» (№ 2018621799 от 06.12.2018 (Роспатент)). Авторы: Пичурина Н.Л., Титова С.В., Олейников И.П., Водопьянов С.О., Ковалев А.В., Конченко А.В., Ненадская С.А., Калинина М.В., Слись С.С., Полонский А.В.
  28. Заявка на гос. регистрацию Базы данных ГИС «Водоемы г. Ростова» (№ 426374936 от 18.12.2018 (Роспатент)). Авторы: Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Титова С.В., Олейников И.П., Гаевская Н.Е., Ковалев Е.В., Ненадская С.А., Коржов С.А., Леоненко Н.В., Слись С.С., Полонский А.В.
  29. Заявка на гос. регистрацию Базы данных ГИС «Внешний эпидемиологический риск заболеваемости» (№ 1548-18-09 от 12.12.2018 (Роспатент)). Авторы: Москвитина Э.А., Водяницкая С.Ю., Водопьянов А.С., Янович Е.Г., Кононенко А.А., Сергиенко О.В., Мишанькин Б.П., Водопьянов С.О., Олейников И.П.
  30. Свидетельство о гос. регистрации программы для ЭВМ ГИС: «Крымская геморрагическая лихорадка. Эпизоотические и эпидемические проявления. Ростовская область» (№ 2018612037 от 09.02.2018). Авторы: Анисимова Г.Б., Москвитина Э.А., Кривошеев А.П., Дворцова И.В., Пичурина Н.Л.
  31. Свидетельство о гос. регистрации программы для ЭВМ «ContigSearcher — программа для анализа результатов полногеномного секвенирования, определения наличия последовательностей различных генов в контигах, полученных при секвенировании, выявления INDEL-мутаций» (№ 2018611348 от 01.08.2018). Авторы: Водопьянов А.С., Трухачев А.Л., Подладчикова О.Н., Писанов Р.В.

Документация на иммунобиологические препараты

  1. Проведены технические и клинические испытания «Набора реагентов для приготовления питательной среды для выделения и первичной идентификации парагемолитических вибрионов ПГВС». На 2019 год запланировано завершение процедуры регистрации нового препарата в качестве изделия медицинского назначения.
  2. Проект нормативной документации антительного латексного диагностикума для выявления и определения титра холерогена у токсигенных штаммов Vcholerae О1 обсужден на заседании ученого совета (протокол № 4 от 26.06.2018 г.) и утвержден директором института.

Депонированные, паспортизованные штаммы:

  1. Депонирование штамма Vcholerae О139 17918, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие гена chхAII, rtxA, cef, кластеров msh и vspIrmbvspII, острова пандемичности VSPII,). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2052. Справка  от 19.11.2018 г.
  2. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-9771, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие кластеров генов Т3SS и гена нейраминидазы nanH). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2053. Справка от 19.11.2018 г.
  3. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-9798, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие гена cholix-токсина II типа chxAII и существенно измененного гена rtxA, продукт которого лишен доменов ACD и abH, но содержит 2 домена RID). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2054. Справка от 19.11.2018 г.
  4. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-12935, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие гена cholix-токсина I типа chxAI и измененного гена rtxA, продукт которого лишен доменов ACD и abH, но содержит 2 домена RID). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2055. Справка от 19.11.2018 г.
  5. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-19093, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие измененного гена нейраминидазы nanH, укороченного гена rtxA и близкого прототипу кластера генов msk). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2056. Справка  от 19.11.2018 г.
  6. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-19261, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие кластеров генов Т3SS, генов cholix-токсина I типа chxAI, нейраминидазы nanH, измененного гена rtxA, продукт которого лишен доменов ACD и abH, но содержит 2 домена RID и новый домен VIP2). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2057. Справка от 19.11.2018 г.
  7. Депонирование штамма Vcholerae nonО1/nonO139 Р-20161, который может использоваться в НИР в качестве положительного контроля при проведении ПЦР для выявления гена термостабильного токсина st у холерных вибрионов, для изучения его экспрессии и роли в вирулентности нетоксигенных штаммов. Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2058. Справка от 19.11.2018 г.
  8. Депонирование штамма Vcholerae О1 14157, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие интактного острова VSPII, гена cefE1). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2059. Справка от 19.11.2018 г.
  9. Депонирование штамма Vcholerae О1 19787, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие генов cefE3, chxA1, кластера Т6SS и измененного гена ее эффектора VasX, отличных от прототипа генов кластеров msh и vspIrbmvspII. Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2060. Справка от 19.11.2018 г.
  10. Депонирование штамма Vcholerae О1 17917, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (имеет все генетические признаки классического биовара). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2061. Справка от 19.11.2018 г.
  11. Депонирование штамма Vcholerae О1 18904, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие аллели гена cefE2 и кластера Т3SS). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2062. Справка  от 19.11.2018 г.
  12. Депонирование штамма Vcholerae О1 19430, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие аллели гена cefE4 и кластера Т3SS). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2063. Справка от 19.11.2018 г.
  13. Депонирование штамма Vcholerae О1 19758, который может использоваться в НИР в качестве штамма с известной генетической характеристикой (наличие гена cefE5 и кластера T3SS, отсутствие VSPII). Штамм депонирован в ГКПБ ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора под № КМ 2064. Справка от 19.11.2018 г.
  14. Депонирование последовательностей ДНК штаммов холерного вибриона, участков генома, отдельных генов и их продуктов. В NCBI GenBank депонированы нуклеотидные последовательности: полного генома штамма Vibrio cholerae 75 (Р-18963) О1 серогруппы биовара Эль Тор, изолированного в г. Ростове-на-Дону в 2007 г.  (код доступа   QENR01000001- QENR01000066) под номером PRJNA454191 (07.05.2018 г.); полного генома Vibrio cholerae strain 5879 (PQBQ01000001-PQBQ01000114) под номером PRJNA224116 (02.02.2018 г.); полного генома Vibrio cholerae strain 2044 (PXZC01000001-PXZC01000124) под номером PRJNA224116 (28.03.2018 г.); полного генома штамма Vibrio cholerae nonO1/nonO139 Р-9507 (QENS01000001-QENS01000105) под номером PRJNA454192 (07.05.2018 г.); полного генома Vibrio phage Rostov1 (MG957431) (28.02.2018 г.); ICE-элемента штамма Vibrio cholerae O1 El Tor 81 (MG950412) (14.07.2018 г.); полного генома штамма V.cholerae nonO1/nonO139 под номером PRJNA454192 (05.18); генов rtxA 27 штаммов под номерами KY569275-569280 (01.18), KY406912, KY741961-KY741964, KY741972, KY741974, KY741976- KY741981, MF417378,  MF417379 (02.18); RTX-кластера 1 штамма под номером KY569281 (01.18);  генов nanH 15 штаммов под номерами MH513986- MH513998 (06.18); генов cholix-токсина (chxA) 2 штаммов под номерами  KY595956-KY595959 (01.18); кластеров T3SS 2 штаммов под номерами MH494080, MH494081 (06.18).

Методические документы, регионального уровня внедрения:

  1. Информационные письма «Эпидемиологическая ситуация в мире по инфекционным болезням в соответствии с «Перечнем инфекционных (паразитарных) болезней, требующих проведения мероприятий по санитарной охране территории РФ» для учреждений Роспотребнадзора направлены в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области, г. Ростов-на-Дону (исх. № 82-17-09 от 29.01.2018 г., № 205-18-09 от 02.03.2018 г., № 339-18-09 от 02.04.2018 г., № 472-18-09 от 28.04.2018 г., № 649-18-09 от 30.05.2018 г., № 869-18-09 от 02.07.2018 г., № 1039-18-09 от 01.08.2018 г., № 1147-18-09 от 28.08.2018 г., № 1310-18-09 от 01.10.2018 г., № 1419-18-09 от 01.11.2018 г., № 1501-18-09 от 30.11.2018 г.).
  2. Информационное письмо «Эпизоотическая ситуация по природно-очаговым инфекциям в левобережной зоне г. Ростова-на-Дону» направлено в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области, г. Ростов-на-Дону (исх. № 393-18-09 от 12.04.2018 г.).
  3. Информационное письмо по мониторингу с сайтов средств информации на Украине направлено в Роспотребнадзор и в Управление Роспотребнадзора по Ростовской области, г. Ростов-на-Дону (исх. № 929 -18-09 от 09.07.2018 г., № 937-18-09 от 10.07.2018 г., № 941-18-09 от 11.07.2018 г., № 966-18-09 от 13.07.2018 г., № 968-18-09 от 16.07.2018 г., № 986-18-09 от 18.07.2018 г., № 1094-18-09 от 14.08.2018 г., № 1133-18-09 от 24.08.2018 г.)
  4. Информационное письмо «О представлении информации о работе консультантов», проведенной с 26.08.2018 по 29.08.2018 в связи с вскрытием тела больного, отбору и транспортировке секционного патологического материала для углубленного молекулярно-генетического исследования в Референс-Центр ФКУЗ Волгоградский противочумный институт Роспотребнадзора направлено в Северо-Кавказский Дорожный филиал ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по железнодорожному транспорту» (исх. №1261-18-09 от 19.09.2018 г.).
  5. Информационное письмо «Об использовании Универсального опросника для сбора эпидемиологического анамнеза» направлено в Северо-Кавказский Дорожный филиал ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по железнодорожному транспорту» (исх. № 1268-18-09 от 20.09.2018 г.).
  6. Межведомственный оперативный план первичных медико-санитарных мер при возникновении чрезвычайной ситуации в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения в ВПП через государственную границу Российской Федерации Ростов-на-Дону (Платов), Утвержден Руководителем Управления Роспотребнадзора по Ростовской области 09.01.2018г.