Pasteurella Analyzer — программа для обработки данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae
Компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.
Алгоритм работы программы
Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат.
Входные данные
В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей — результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования). Предпочтительное расширение файла «.fasta» или «.fa».