• Понедельник, Июль 27th, 2020

Компьютерная программа, позволяющая проводить анализ данных метагеномного анализа микроорганизмов семейства Pasteurellaceae с целью поиска генов антибиотикорезистентности и генов, кодирующих токсины.

Алгоритм работы программы

Поиск генов среди данных секвенирования проводится с использованием алгоритма локального выравнивая Смита-Ватермана с аффинными штрафами за делеции и вставки. При этом референс-последовательность каждого анализируемого гена подбирается среди всех представленных контигов. Если один и тот же ген будет обнаружен программой в нескольких разных контигах, то в итоговый файл будет занесен лучший результат.

Входные данные

В качестве исходных данных используется файл в fasta-формате, содержащий набор контигов (протяженных нуклеотидных последовательностей — результат сборки de novo коротких ридов, полученных в результате полногеномного секвенирования). Предпочтительное расширение файла «.fasta» или «.fa».

Скачать программу Pasteurella Analyzer

Скачать Методические рекомендации по работе с программой

Category: Без рубрики
Author:
Холера Грипп Чума Японский энцефалит Малярия Менингококковая инфекция Лихорадка Зика ГЛПС Коронавирусная инфекция Туляремия