Ростовский-на-Дону противочумный институт учрежден Приказом Уполномоченного Совета Труда и Обороны от 5.06.1934 № 1.

Основными направлениями работы института с момента его основания и до настоящего времени являются совершенствование эпидемиологического надзора за особо опасными и другими природно-очаговыми инфекционными болезнями, их лабораторная диагностика и профилактика, а также биологическая безопасность и противодействие биотерроризму.

С 1934 по 1940 годы в институте были проведены эпизоотологические обследования природных очагов опасных инфекций Северо-Западного Прикаспия, выполнены оригинальные исследования по эпизоотологии, эпидемиологии, патогенезу и иммуногенезу чумы и туляремии. За ликвидацию очага чумы на территории Северо-Западного Прикаспия девять сотрудников института были удостоены Сталинской премии.

В трудные годы Великой Отечественной войны институт внес большой вклад в ликвидацию обширных эпидемических вспышек туляремии и холеры в Ростовской, Сталинградской (в настоящее время Волгоградская) и Астраханской областях.

Мировым достижением является создание на базе института и внедрение в практику живой туляремийной вакцины. Проведенные исследования позволили в 1950-е годы существенно снизить заболеваемость туляремией в стране, за счет введения массовой вакцинации населения.

С 1960-х годов в институте начались активные фундаментальные исследования в области биохимии, генетики и молекулярной биологии возбудителей чумы и других особо опасных инфекций.

Специалистами института был выполнен большой спектр исследований по оценке эффективности появляющихся антибактериальных препаратов, изучению их действия, отработке методов определения антибиотикочувствительности; по созданию живой антибиотикорезистентной противочумной вакцины.

Важные результаты получены при выполнении целого ряда работ, посвященных выяснению механизмов патогенеза и иммуногенеза ООИ, совершенствованию неспецифической и специфической профилактики, изучению способов коррекции поствакцинальных иммунодефицитных состояний.

Специалистами института была предложена идея создания и сформулированы основные задачи специализированных мобильных противоэпидемических бригад (СПЭБ), которые используются в повседневной практической деятельности всех учреждений противочумной системы. С 1965 года сотрудники института в составе СПЭБ и отдельных мобильных групп осуществили более 60 выездов по эпидемиологическим показаниям в различные регионы СССР и России. Принимали участие в ликвидации вспышек чумы и холеры в Китае, Монголии, Пакистане, Афганистане, Вьетнаме, Сомали, Индии. Поддержание постоянной оперативной готовности СПЭБ к организации и проведению мероприятий в рамках обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения при экстраординарных событиях (ЧС природного и техногенного характера, акты биотерроризма и т.д.) – является основной задачей СПЭБ и в настоящее время.

Начиная с 1967 года в институте осуществляется работа по санитарной охране территории. В институте была разработана концепция по совершенствованию планирования мероприятий и противоэпидемической готовности медицинских учреждений, усовершенствованы санитарно-карантинные мероприятия. Разработка нового варианта «Правил по санитарной охране территории СССР» явилась итогом данной работы. Сотрудниками института издан Справочник-кадастр: «Распространение в мире инфекционных болезней, требующих проведения мероприятий по санитарной охране территории Российской Федерации».

С 1971 года институт является головным по проблеме «Холера». На институт были возложены задачи координации исследований по созданию эффективных средств и методов диагностики, лечения, специфической и неспецифической профилактики, а также обеспечению эпидемиологического надзора за холерой. Специалистами института было проведено районирование Российской Федерации по типам эпидемических проявлений холеры. Разработка сотрудниками института отечественного препарата «Глюкосолан» для оральной регидратационной терапии холеры была признана крупным достижением медицины XX столетия. Результаты изучения и материалы по борьбе с холерой в стране были обобщены в монографиях «Холера в СССР в период седьмой пандемии», «Холера в Дагестане», «Актуальные проблемы холеры», «Механизм и диапазон изменчивости холерного вибриона».

За заслуги в организации борьбы с особо опасными инфекционными болезнями в 1984 году Указом Президиума Верховного Совета СССР Ростовский-на-Дону противочумный институт награжден орденом Трудового Красного Знамени.

К 85-летнему юбилею Ростовский-на-Дону противочумный институт подошел, имея богатое наследие старших поколений ученых, крепкий результативный состав уже сформировавшихся научных работников и твердое намерение молодых сотрудников – быть им достойной сменой в борьбе за эпидемиологическое благополучие страны в отношении особо опасных агентов микробного мира. Институт обладает научным потенциалом для планомерной работы по осуществлению эпидемиологических, эпизоотологических, экологических и микробиологических исследований для дальнейшего решения важных вопросов совершенствования эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями.

Основными направлениями исследований специалистов института, выполняющего функции Референс-центра по мониторингу холеры, являются: мониторинг, оценка и прогнозирование эпидемиологической обстановки по холере в мире и России, с учетом ЧС различного происхождения; обеспечение нормативно-методического и консультативного сопровождения (в соответствии с уровнем развития научных знаний и современными требованиями), а также практической помощи организациям Роспотребнадзора и Министерства здравоохранения Российской Федерации по вопросам организации и проведения лабораторной диагностики холеры. Экологами института осуществляется экспериментальная оценка роли экологических факторов в адаптации и персистенции холерных вибрионов.

В рамках работы Центра индикации возбудителей инфекционных болезней I-II групп патогенности и обеспечения противоэпидемической готовности ведется анализ и прогнозирование современного состояния биоценотической структуры и паразитарных систем природных очагов туляремии, а также ЛЗН и других арбовирусных инфекций в Ростовской области и оценку их устойчивости в условиях антропогенного воздействия. Молекулярные биологи и генетики проводят подбор новых генетических маркеров-классификаторов вибрионов; изучают характеристики токсинов различной природы; разрабатывают методы оценки жизнеспособности клеток V. cholerae с помощью различных вариантов ПЦР на основании детекции транскрипции генов, выявленных при анализе транскриптома; методы выделения из клеток V. cholerae О1 препаратов РНК, свободных от примеси ДНК; изучают геном возбудителей ООИ, молекулярные механизмы регуляции патогенных свойств возбудителя чумы; фено- и генотипическую вариабельность атипичных штаммов. Не ослабевает интерес специалистов института к поиску путей, увеличивающих активность антибиотиков в отношении возбудителей особо опасных инфекций. Особое внимание в институте уделяется созданию моно- и поликлональных пероксидазных конъюгатов для специфической детекции холерного токсина; разработке диагностических и профилактических фаговых препаратов; вопросам диагностики, внутри- и межвидовой дифференциации возбудителя чумы и псевдотуберкулеза.

В последние годы значительно укреплена материально-техническая база института, приобретено новейшее оборудование, что значительно расширило арсенал методов диагностики и изучения возбудителей инфекционных болезней.

Весомые результаты 85-летней масштабной разноплановой научной деятельности института отражены в более чем 8,5 тысячах опубликованных научных работ. В ходе выполнения более 1000 научных тем сотрудниками института разработано и усовершенствовано большое количество методов лабораторной диагностики, диагностических препаратов, инструктивно-методических и информационно-методических документов федерального и регионального уровней, патентов, баз данных и ГИС, защищено более 50 докторских и 240 кандидатских диссертаций. На базе института, с момента его основания, постоянно проводятся курсы профессиональной переподготовки и повышения квалификации специалистов по особо опасным инфекциям. За эти годы выпущены тысячи специалистов, составивших гордость отечественной науки и практического здравоохранения.