Отечественная программа KlebsiellaAnalyzer позвоялет проводить типирование и анализ данных полногеномного секвенирования клинических изолятов Klebsiella pneumoniae. Для разработки программного обеспечения использовали языки программирования Java и Python.
Возможностью программы является установление типа капсульного антигена на основе пакетных данных полногеномного секвенирования. В программу для анализа включены:
- Гены rmpA, rmpA2 -ответственные за гипермукоидные свойства. Обнаружение одного или обеих генов говорит о принадлежности исследуемого генома гипермукоидному генотипу. В случае отсутствия генов rmpA, rmpA2 исследуемый штамм следует относить к классическому типу.
- Определение наличия генов вирулентности: в программу внесены 14 генов вирулентности: magA, allS, mrkD, cf29a, fimF, uge, kfuA, kfuB, kfuС, kvgA, ureA2, copA2, nikA2, yciC.
- Гены синтеза иерсиниобактина: ybtS, ybtA, irp1, irp2, ybtT, psn.
- Гены синтеза аэробактина: iucA, iucC, iutA, iutA2, entA, entB, entE, fepG, fepE, fepA, pfeA_2, fes_3. Ген синтеза сальмохелина iroB.
INDEL- маркеры: в программу внесены 19 авторских INDEL-маркеров для сравнительного типирования исследуемых штаммов.
Для детекции наличия внехромосомных элементов в программу внесены гены кодирующие репликоны плазмид обнаруженные у различных мировых и российских штаммов Klebsiella pneumonae: IncHI1B (230kb), repB (230kb), incFII (95kb), IncFIB (230kb), IncК (54-224kb), ColRNAI, Col440I, repE_IncFIA(HI1)(95kb), IncR. При анализе число обнаруженных репликонов соответствует числу плазмид в исследуемом штамме.
В программе предусмотрено CRISPR-типирование.
CRISPR — это особые локусы, состоящие из прямых повторяющихся последовательностей разделенных спейсерами. В программу внесено два типа CRISPR выявленных у штаммов Klebsiella pneumoniae. Программно оценивается наличие типа и размер CRISPR-кассеты в геномах исследуемых штаммов.
