Основные направления научных исследований ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора связаны с осуществлением научного и практического обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации по особо опасным и другим природно-очаговым инфекционным заболеваниям. Институт занимается научными исследованиями в области особо опасных инфекций, направленными на совершенствование механизмов обеспечения противодействия биологической опасности и практического реагирования на конкретные чрезвычайные ситуации, выполняет научно-прикладные исследования по проблемам природно-очаговых и других особо опасных инфекций с целью совершенствования системы эпидемиологического надзора и борьбы с инфекциями, которая отвечает уровню, адекватному характеру современных биологических угроз.
В рамках отраслевой программы на 2021-2025 гг. выполняется 12 НИР. Одна НИР выполняется в рамках Государственной программы «Обеспечение химической и биологической безопасности Российской Федерации» 2021-2024 гг, три мероприятия – в рамках реализации федерального проекта “Санитарный щит страны – безопасность для здоровья (предупреждение, выявление и реагирование)”.